2013年12月30日，中共中央总书记习近平主持中央政治局会议，按照三中全会决定，通过成立中央全面深化改革领导小组，由习近平任组长。该领导小组成立后，其与国务院以及各个部委，以及地方各个改革小组的关系，面临重构的可能。而在地方，截至目前，北京、黑龙江、湖北、浙江、甘肃、广西，以及苏州、东莞等省市级均已表露出要成立相应层级全面深化改革领导小组的意向。另外，在各级深改小组成立后，与其名称类似且职能有所重合的发改委将会出现何种变化，也引起外界关注。有观点认为，发改委或许将变成中央改革决策下的执行机构。
以湖北为例，目前其全面深化改革领导小组还将获得国家最主要的国家机构的参与，进而协同推进改革。该小组负责全省改革统筹协调、整体推进和督办落实。各级党委承担全面深化改革的领导落实责任，目标是建立党委、人大、政府、政协共同推进改革协调沟通机制和部门联动机制。另外，浙江、北京、天津、广西、黑龙江、甘肃等地，已经有成立全面深化改革领导小组的说法。
事实上，早在三中刚结束的2013年11月19日，国务院法制办副主任袁曙宏在专题吹风会透露，下一步，各地区各部门也将成立领导小组和相关机构。不久后，广东省国土资源厅宣布，已经专门成立了深化国土资源改革领导小组。另外，国资委、国土部，也在酝酿新的改革方案。但是否以后每一个部门都要成立改革领导小组，仍有争议。
有观点指出，以后各级党委和政府的下设部门，是否需要成立这样的小组，也应根据实际需要来确定。一方面，可以通过成立有关领导小组来领导推进各个领域深化改革任务的落实，另一方面，新设机构也需规范，“不能打着改革的旗帜只是追求变相增设机构和编制”。
分析人士认为，在中央成立全面深化改革领导小组后，此前政府部门的多个改革小组以及改革部门，可能面临职能重新界定的问题。比如目前国务院有深化医药卫生体制改革领导小组、住房制度改革领导小组、农村综合改革办公室等， 都属于高层议事协调机构。
其中国务院医改小组，最初办公室设在国家发改委，2013年已经调整到国家卫生和计划生育委员会。中有专家称，近年来尽管医改不断推进，但是看病贵的问题并未很好解决。她认为，现在国家卫生计划委很难推动医疗改革涉过“深水区”。她在2013年社会蓝皮书发布会上指出，“只有卫生政策对医改的政治优先性上升，引起领导的重视，才能更加协调地进展下去。”类似的机构如国务院房改办，以及国务院农村综合改革办和住房等方面，本身推动改革也很难。值得注意的是，外界十分关注全面深化改革领导小组的成立，会与政府体系中的发改委系统产生何种“化学反应”。国家发改委边界十分模糊，近年来的实际地位和作用却一直在强化。国家发展改革委副主任连维良此前指出，国家发改委下一步在中央全面深化改革领导小组的领导下，按照国务院的部署和要求，做好经济体制改革的推进落实工作。至于国家发改委改革司是否并入中央全面深化改革领导小组，暂无定论。
截至目前，新一轮部委机构改革公布快一年，国家发改委的三定方案尚未公布，原先人口委的人口规划司，已经明确要求划入国家发改委，但发改委迄今未成立人口规划司。中国经济体制改革研究会副会长杨启先认为，国家发改委本身属于被改革的对象，目前新的经济体制改革方案，再由国家发改委制定，并不适合，“最好还是由中央全面深化改革领导小组来做，这个部门没有部门利益”。他说。
也有观点指出，根据中央政治局的提法，中央全面深化改革领导小组，将统筹协调处理全局性、长远性、跨地区跨部门的重大改革问题；指导、推动、督促中央有关重大改革政策措施的组织落实。改革需要考核、实施等，发改委改革司也许可以变成改革任务的执行机构。
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