著名经济学家，35年前叛逃大陆的前台军连长林毅夫“投敌案”正式由台湾军方移交司法系统处理。军方表示，希望司法单位接管案件后，持续发布通缉令，而法务部及检方就称会接续发布通缉令。至于未来会否选择继续通缉，台湾高检署则表示，将由林当年叛逃犯罪地金门的高等检察院决定。
台立法院2013年8月三读通过军事审判法修正案后，军事案件分两阶段移交司法，第二阶段将在该日进行移交。这其中包括林毅夫在1979年担任台军连长驻守金门时游泳叛逃到中国大陆的案件。
台湾国防部官员表示，林毅夫及驾机叛逃的黄植诚、李大维、林贤顺等人，都曾任大陆党政军要职，投敌罪牵涉到军人应对国家忠诚的核心价值，台湾军方在处理上绝不容有丝毫模糊空间；国防部曾和法务部共同解释，法务部确认投敌属继续犯，“犯罪追诉时效还没开始算，仍在依法通缉中”，国防部希望在相关案件移交后，司法单位也能坚持这项立场。
军方官员称，林毅夫现仍为大陆全国政协常委，任职于中共的党政机构，因此其投敌犯行仍在继续中，犯罪行为尚未终了，追诉权时效根本还未开始起算。
官员并说，前行政院长陈冲任内，曾交办法务部研究林案涉及的法律问题，国防部在联系后获知法务部研议结论为：林案是投敌继续犯，应自投敌行为终了之日起算追诉权时效，追诉权时效最长可达37年6个月。
大法官释字第68、80及129号等三次解释都认为，如叛乱犯未脱离叛乱组织，就是叛乱的继续犯。
法务部高层和检方高层指出，惩治叛乱条例虽已废除，但刑法仍有内乱及外患罪，林叛逃中国大陆，追缉林的法源基础是刑法，陆海空军刑法则是刑法的特别法，强调林目前还任职大陆党政高层，属内乱罪及外患罪的继续犯，因此通缉时效不受影响。
不过，也有部份检方人士主张，两岸关系和缓，再以叛乱罪通缉林毅夫并无意义，且林毅夫在1979年从金门游泳叛逃赴大陆，国防部迟至2002年才通缉他，距离其投敌行为已逾20年，当时就已丧失追诉时效。
尽管两岸关系和缓，但对于大陆是否仍属敌人一事，最高法院和高等法院皆持肯定说。最高法院日前才对泄漏军机给大陆空军中校袁晓风判处无期徒刑确定。最高院与高等法院审理该案均认为，大陆是我方敌人，就算两岸和解，仍无法掩饰其是台湾敌人的事实。
此外，行政院去年回复立委质询时指出，政府虽在1991年5月1日终止动员戡乱时期，但两岸在军事上仍处“武力对峙状态”，中共仍属陆海空军刑法所定的“敌人”。
根据国防部统计，第二阶段移交司法单位的审理案件预计有160件、检察案件280件，移监收容人约74人，并将在1月13日上午8时起移交，台南军事监狱和南、北军事看守所裁撤，在军囚全数移监后，军监也宣告走入历史。另外，除叛逃大陆的林毅夫等人外，同日移交司法单位的重要案件还包括潜逃离台的前国安局组长刘冠军、潜逃到英国并已遭到逮捕的军情局女军官叶玫等人，其中，叶玫将在近期内由英国遣返回台，届时将由司法单位接管，不再经由军方程序处理。
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