日本内阁官房长官菅义伟（Yoshihide Suga）在3月17日的记者会上，就克里米亚全民公投多数支持加入俄联邦一事称，“我国不承认”。菅义伟还表示，将要求俄方避免将克里米亚纳入俄联邦。然而，在努力与美国保持一致的同时，日本政府为了尽快解决北方领土问题又不希望日俄关系彻底恶化，况且俄罗斯总统普京也将于年内访问日本，日本政府被夹在美俄间左右为难。
菅义伟就公投指出，“此举违反乌克兰宪法，不具有法律效力。”他强调，“强烈要求俄罗斯遵守国际法，尊重乌克兰的主权和领土完整，不要将克里米亚纳入俄联邦”。日本外务大臣岸田文雄(Fumio Kishida)向媒体表示将关注事态发展，称“有必要关注俄罗斯等相关国家采取何种措施”。
岸田文雄3月7日上午，就美国因乌克兰问题而对俄罗斯发动制裁一事表示，日本政府现阶段不准备发动制裁，但是，今后将根据局势发展、并参考其他国家的应对方式，再作决定。显示出了欲跟风欧美制裁俄罗斯的意愿。但是，在努力与欧美各国保持一致的同时，日本政府为了尽快解决北方领土问题又不希望日俄关系彻底恶化，况且俄罗斯总统普京也将于年内访问日本，这令日本政府左右为难。
乌克兰危机特别对日俄能源合作影响较大。日本东京燃气和东京电力公司自2009年以来通过“萨哈林2”的石油天然气开采项目一直从俄罗斯采购液化天然气(LNG)，两公司采购量的10%依赖于“萨哈林2”项目。大阪燃气公司自2011年开始就从俄罗斯购买天然气，采购量从最初的25万吨增加到了2012年的40万吨，占其进口量的5%。在福岛核事故后，日本核电无法最大发挥作用，能源供应不足，主要靠进口石油和天然气。
日本若制裁俄罗斯，自身受损也会很严重。日本汽车厂家对目前乌克兰紧张局势亦表示担心。俄罗斯拥有欧洲第二位的汽车市场规模，丰田汽车、日产汽车、三菱汽车在当地都设立了工厂，某汽车厂家表示如果事态长期化，将不可避免地影响其俄罗斯工厂的生产销售。
据日本贸易振兴机构等的统计，在乌克兰登记的日资企业约有40家。另一方面，雷曼危机后出现滑落的日俄贸易额顺利恢复，两国的经济合作日益紧密。日本成立了日俄交流促进官民联络会议，除了大型商社，医疗、城市开发、基础设施、农业、流通等领域的顶尖企业都积极行动起来。但是，本月中旬预定召开的日俄投资论坛有可能被取消，有舆论甚至担心这将减弱两国经济合作的势头。
日本蝶理株式会社在莫斯科设立了事务所，向俄罗斯出口化学品，负责人指出“如果俄罗斯遭到国际社会孤立，将影响公司的出口。” 日本经济同友会的长谷川闲史代表干事表示对乌克兰局势非常担心，希望避免对俄的经济制裁，通过外交努力和平解决。
日本政府3日就陷入紧张的乌克兰局势同美国和欧盟联名发表声明谴责了俄罗斯。日本首相安倍晋三（Shinzo Abe）3日在政府执政党联络会议上就俄罗斯对乌克兰的军事干预称“期待和平解决，强烈要求尊重乌克兰的主权和领土完整。”安倍与普京至今已举行过5次首脑会谈，日俄关系“极其良好”。普京还将于今年秋季访问日本，面对美俄间的对立，日本势必将面临艰难的抉择。
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