“动员戡乱时期”时期早已结束，现在的台湾已经是一个高度民主化的社会，而“白色恐怖补偿基金会”因应当下形势在2014年9月8日这一天熄灯走入历史。基金会在创立后的15年间补偿的案件数目超过1万件，而总补偿金额达198亿元新台币（下同，1新台币约合0.0034美金），其中台湾前副总统吕秀莲，现任高雄市长陈菊等人均曾受惠。
台湾总统马英九出席“二二八事件”67周年追悼纪念会
“白色恐怖补偿基金会”于当天正式结束业务，白色恐怖补偿基金会全名为“戒严时期不当叛乱暨匪谍审判案件补偿基金会”，1998年依立院通过的补偿条例成立，隔年受理申请补偿；若依原法所订“落日条款”，基金会早该结束业务、停止受理申请，但因顾及受难者权益，朝野立委特别修法延长三次。
基金会存立期间已于3月8日届满，随即进入半年法定清算作业阶段，9月8日是“清算到期日”，清算后剩余财产将缴回国库，并结束所有业务。工作人员表示，半年前已举行过纪念茶会，今日过后即不会再有人员进驻，也没有卸牌仪式。
基金会执行长倪子修说，至今仍有1,500名受难者未提出申请，有的是被枪决的老兵、家属在大陆，有的已没家属；未来将暂转由国防部及文化部景美园区筹备处协助处理抚慰工作，至于能否请领补偿金，仍待立委修法。
倪子修说，有些当事人所涉案件，若在如今根本没事，例如一名老兵只因骂了蒋介石，就被判刑7年；另有四名来自金门的受难者家属，在领取补偿金时当场痛哭崩溃。
还有许多个案是当事者被枪毙或出狱之后，悲剧才开始，例如另一半改嫁或出狱后遭歧视、长期找不到工作等。倪子修表示，白色恐怖所发生的冤、错、假个案，对受裁判者是永难忘怀的伤痛；若希望走出历史阴霾，还未申请者的权益有必要继续保障，希望基金会结束营运后能与二二八基金会合并成为“国家人权基金会”。
依补偿条例，可以申请补偿的案件，是在戒严时期（1949至1987年），人民因触犯内乱、外患罪或匪谍案，判决有罪确定者，并依受害或监禁年限，给其本人或家属补偿，失踪、死亡可以获600万元补偿，监禁超过18年半以上可补偿590万元。领取补偿金的名人包括美丽岛事件当事人吕秀莲、施明德、陈菊等，但同案被监禁的林义雄，至今坚持不领补偿金。
对于基金会这些年所发挥的作用，当年一手催生的民进党前主席施明德说，“转型正义做得一塌糊涂！”他声称，2013年替“泰源事件”受难者争取补偿未果，若基金会仍不正面回应，不排除赴监察院控告基金会董事长林政则等官员渎职。
施明德批评“泰源事件”受难者未能得到补偿，基金会执行长倪子修说，这有两段故事，第一段是争取台独、以叛乱罪名被关的人，都已获得补偿；但第二段是有些台独分子因杀了管理员逃狱再回笼，被判死刑枪决，因而未能获得补偿。
至于，施明德质疑，白色恐怖的真相不肯公布、档案真相未明。倪子修说，因补偿条例第九条规定，“档案只限用在补偿用途”。
施明德表示，十五年前他担任立委时，与国、新两党立委联手通过此条例，这只是对政治受难者一点点的物质补偿，“说是转型正义，还差太远了！”
他说，不当审判补偿基金会应做转型正义研究，但多年来都没有做，与“二二八纪念基金会”一样，都是为掌权者擦脂抹粉的工具，“不管是马英九、陈水扁执政都一样”。
基金会结束业务后，据统计仍有1,000多人未提出申请，施明德建议说，补偿业务可移转到“二二八基金会”，因为两个基金会本来就应合并，共同推动转型正义，还原历史真相。
施明德表示，白色恐怖时期的历史真相迟迟没有对外公布，档案局虽已成立，却仍不让真相曝光，就连他要查询自己的档案，也备受阻挠。
施明德说，先有真相，才有恢复正义的问题，公布真相并非寻求报复，而是让不公不义得到应有的抚慰与纠正，“连真相都不敢公布，还奢谈什么转型正义？”
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