东江水供港至今已整整50年，但港人不时有对其水质及水费的质疑。负责管理深圳水库的粤海供水有限公司董事长徐叶琴接受《文汇报》访问时表示，他饮用自来水时，从不用过滤器，声称东江水「干净、安全」，更指水库周边风景秀丽。
据报道，徐叶琴曾参与东深供水工程第三期及第四期的工作，自言一生做「保护水」的工作，为此事「自豪一辈子」。他说自己家住深圳，饮用自来水时从不用过滤器，因为「没人比他更清楚，这水有多干净、安全」。他更说水库四周风景秀丽，有大片天然林木，冬天有白鹭飞过，水面倒映晚霞，更自信地说「国内没有一个坐落在城市市中心的饮用水水库，水质一直稳定保持在优于国家Ⅱ级水源标准之上」，认为东江水是「大江大河里最好的水」。
香港媒体时有关于东江水质的报道。《东方日报》于2013年从东莞太园泵站抽取原水样本，化验后发现重金属铁含量为每公升○点四八毫克，较内地《地表水环境质量标准》超标百分之六十，亦超出世卫于2011年的《饮用水水质准则》的同数值建议标准。
大中华及水政策研究主管陈素在去年四月于《经济日报》撰文，提到他于2011年曾到东江流域考察，见到「广东省产业转移对水资源的巨大威胁」，对东江中、上游的惠州、河源影响甚大，又指2012年的水质评价中，剔除「粪大肠杆菌」和「总氮」两个常用标准，水质的实际情况，「实在堪忧」。陈素指，时至2014年，东江水的整体水质仍未得到「明显改善」。
据报道，去年九月，东江水所流经的惠州博罗县爆发示威，原因是当局拟建亚洲最大的垃圾焚烧厂，一旦落实，污染物将影响水质，使当地爆发保护东江水万人大游行。
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