民进党立委郑丽君指称稻江管理学院的代理校长孙若怡是高中黑箱课纲的“小黑手”，并牵扯出王晓波与孙一同倡议“台湾人本来就是中国人”、“中国再崛起谁也挡不了”；对此，世新大学教授王晓波反问郑丽君，没有“中国”，又何来“中华民国”，中华民国国民不是中国人又是哪国人？美国、日本加上欧洲都阻挡不了中国崛起，凭郑丽君小台独就成吗？
王晓波在4月21日出版的中国时报投书指出，台湾自1662年，郑、荷18项协议，即属中国，而为中国人。现在参与国际组织或称“中华台北”（Chinese Taipei），Chinese不是“中国人”是什么？郑丽君如果不是中国人，又是哪国人？凭什么担任中华民国的立法委员？
王晓波表示，“中国崛起谁也挡不了”，这是30多年来的历史事实，不知道历史事实，不知道“台湾人本来就是中国人”是郑丽君的无知，但苏格拉底有言：“罪恶起自无知”。反服贸、反亚投行，有如关起门来头撞墙，有谁理你？
王晓波感叹，民主政治正是要推翻专制霸道，立法院有郑丽君这样“顺我者昌，逆我者亡”的委员，正是证明台湾民主已沦为张亚中教授所说的“纳粹”，当年老党外只能表示莫大遗憾。
2008年，马英九当选总统后，被指派参与高中历史课纲修订工作。2014年1月20日，中华民国教育部微调历史课纲，绿营强烈质疑马当局此举是在走向“终极统一”。对此，王晓波当时直言，“我们没有去台湾化，反而加强台湾主体意识。加入台湾人参加抗战、光复台湾的内容，不是矮化台湾，而是高化台湾”。
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