从1985年进入媒体圈，崔永元的嘴巴一直没停歇过。电影《手机》上映时，他“炮轰”冯小刚、《手机》、编剧刘震云，后来再提出“电视庸俗化”、“收视率是万恶之源”等观点，呛声某些央视主持人，就“限制私家车治理雾霾”提起过质疑，再到转基因，甚至力挺本山与清华教授肖鹰互掐。
崔永元
崔永元曾为自己解释：“每个做媒介的人都应该有这种责任感。你的媒介会影响别人，你怎么能够没有责任感呢？我这些年发表的观点老被人重视的原因，就是因为两点：一是我确实说到了痛处，二是别人不愿意说的话，明摆着得罪人的话，我说出来了。”
为赵本山的二人转与清华教授肖鹰互掐
赵本山大叔最近疑因二人转低俗问题被推至风口浪尖，成为各大媒体和网友口诛笔伐的对象，清华大学教授在博客以《低俗小品王赵本山的历史终结》为题吐槽赵本山，从而引起与赵本山交往甚密的崔永远的极度不满，他微博替赵本山抱打不平称：“说本山二人转低俗的，估计是没看过乡间野生的二人转，其实本山在二人转从低俗向通俗的方向发展上可是费了不少心血。”而肖鹰立即在微博上进行回击，炮轰崔永元低智商，崔永元不甘示弱，在微博上痛斥肖鹰丢清华教授的脸，肖鹰13日再度发微博上骂崔永元是智障。
对于二人你来我往的口水战，众微博网友曾一边倒的趋势支持崔永元，就有网友借机调侃称：“终于找到不上清华的理由了，还是蓝翔靠谱。”更有网友称：“低俗也好，通俗也好。很多人却喜欢这种表演风格怎么破？有的教授的确值得敬仰，但是有的叫兽却让人觉得可悲。”痛斥冯小刚
2003年冯小刚导演的一部贺岁电影《手机》。因剧情露骨影射对崔永元造成了负面影响，对此崔永元感到出奇愤怒，于是一气之下，发表了一篇1万多字的长文，并且接受不少媒体采访，猛烈炮轰《手机》低级、是垃圾片，如果有分级标准，就是三级片，同时他还表示，冯小刚做人缺乏诚实，失去与他的友情一点也不寒心。
2010年8月9日，冯小刚、徐帆夫妻接受央视《面对面》专访，冯小刚在节目中表示在电影《集结号》之后，他和崔永元已经和解，他还将自己最喜欢的一把导演椅送给了崔永元的电影博物馆。
炮轰朱军
2005年，崔永元接受一次采访时说：“我们台一个主持人在做谈话节目，采访一位艺术家，这个艺术家很投入，很忘情，主持人也在现场号召大家向他学习。这个主持人出来后却说‘这傻×今天真配合’。”虽然当时他没有点名指出这名主持人是谁，但由于其含混的描述，媒体普遍将矛头指向《艺术人生》主持人朱军。
崔永元的一句含混的描述，让朱军陷入难堪。朱军随后受访时指出，含沙射影的报道出来后，“那段时间觉得挺痛苦的，这个波澜大概一直延续到了第二年的春节前后，大概半年吧。”最终崔永元在微博向朱军道歉，后来又在《艺术人生》现场鞠躬向朱军道歉而告终。
炮轰长春电影制片厂变房地产开发商
2012年8月6日，长春电影制片厂在海口召开了“环球100”电影主题公园的设计汇报会：一个占地7000亩、总投资高达436亿元、被誉为世界级电影主题公园的庞大项目就此浮出水面。
8月9日《21世纪经济报道》刊发了题为《长影海南圈地7000亩，面积堪比世博会其老员工称，长影走的是靠变卖土地维系发展的畸形路径》的报道。3天后，崔永远在其个人微博上炮轰长春电影制片厂变房地产开发商：“这消息让人气愤！原有的摄制基地已被野蛮拆去，又在海南大兴土木，已经变成赤裸裸的房地产开发商，却还享受国家的文化扶持基金。”怒斥湖南省教育厅不作为不要脸
2012年6月11日，崔永元参加以“乡村教师培训公益活动”为主题的微博访谈。访谈开始前，他在微博中写道：“崔永元公益基金第六期乡村教师培训八月培训100名湖南乡村教师。为此，湖南省教育厅回复：不反对、不支持、不参与。我们非常愤怒，在此正式评价湖南省教育厅：不努力、不作为、不要脸！”
就转基因食品与方舟子大打口战并闹上法庭
2013年9月7日上午，20多名主动报名的网友参加了由方舟子发起的中国农业大学玉米试验基地现场采摘转基因玉米，并煮熟品尝活动，这次活动引发网上热议，著名主持人崔永元也转发了微博并评论称“你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂“科学”，我有理由有权利质疑你懂的“科学”到底科学不科学。你可以说我白痴，我也可以说你白吃。”
随后两位大V就转基因安全性在微博过招数轮，甚至上升为“骂战”，出现“骗子”、“流氓”、“疯狗”等字眼，最终从微博闹上法庭，在庭审上，双方互指对方诽谤侮辱自己，方舟子索赔30余万，而崔永元反诉索赔67万，且均称对方“恶意诉讼”。
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