1937年7月7日，抗战全面爆发后很长一段时间内，中日关系极其微妙，国民政府与日本政府都很默契地不向对方宣战，正式进入战争状态，也未完全断绝外交关系。日本始终与蒋介石国民政府保持着接触，蒋介石试图通过谈判实现"和平"，日本希望通过谈判保住既得利益，双方先后数次私下谈判。
1945年重庆谈判事情蒋介石与毛泽东合影
1937年11月，在德国驻华大使陶德曼牵线下，日本与蒋介石展开谈判，日本以“事实上承认满洲国；缔结日华防共协定；停止反日；停止特殊贸易、自由飞行”为“和平条件”。除承认伪满洲国外，其余各条都在蒋介石容许范围内，12月2日的国民党党政军首脑会议也一致认为，原则上可以以此为"和平谈判"的基础。然而，此时日本攻势正盛，条件加码，蒋介石不敢贸然答应，日本也不满意，最终双方召回大使，断绝外交关系。此后，日本中国派遣军主管情报和政务的课长今井武夫与重庆行营参谋处中将副处长陈超霖，汪伪政府考试院长缪斌自称受重庆委托，先后与日本谈判。1940年，日本甚至提议由板垣征四郎、蒋介石、汪精卫举行最高级会议。汪精卫也曾派外交部亚洲司司长高宗武与日本谈判，促成汪精卫叛逃。孔祥熙通过曾任事业部长的王子惠，与板垣征四郎也有过和谈。
中共在抗战中与汪伪及日军也有过接触。据人民出版社1996年出版的《潘汉年的情报生涯》记载，潘汉年为汪伪特工总部主任李士群挟持与汪精卫会面。汪精卫企图联合中共搞“议会政治”称“只有同我们合作才能救中国”，潘汉年同意讲话带给延安，但也表示“延安是不不会退出重庆参政会来南京参加你们的议会的”，最后潘汉年告诉汪精卫“如果将来你感到与日本人合作有困难，要另找出路时，新四军不会对你过不去的，会给你一个转身的余地”。
后在上海又见到了李士群的军事顾问、日本华中派遣军谋略课长都甲大佐，都甲称：“只要新四军不破坏这一段的铁路交通（津浦线南段），日方希望和新四军之间有一个缓冲地带。”潘汉年则回以：“新四军的发展很快，目前正在稳步地巩固和扩大农村根据地，也无意要立即占领铁路交通线和其他重要交通据点。日军方面要给新四军有一定的生存条件，否则游击队就会随时袭击和破坏交通线的。”在美籍中共党员李敦白的回忆录中，也记载了时任新四军第五师师长李先念向日军“收税”的故事，“李先念手下有一个姓安的干部（新中国成立后在贸促会工作），守着汉水的一个小港口收税，收谁的税？收日本人的税。日本人来往武汉运送军火、粮食、物资得经过这个港口，双方有一个默契，你交税，我就让你通过，你不交税，我的游击队就打你。非常 巧妙，也很实事求是，因为新四军要生存，也不可能一下子打下武汉，那就先让日本人交税吧。”
抗战胜利后，蒋介石对战败的日本推行“以德报怨”的政策。"我们一贯声言，只认日本黩武的军阀为敌，不以日本的人民为敌。"以“不念旧恶”、“与人为善”，维护日本天皇制，反对分割日本，反对报复性赔偿等。为了防共，投降日军维持了原有的架构，并自1945年10月其纳入国军补给体制，享有与国军同样的待遇。到1946年1月，仍有14万日军布防在山东、山西、河北交通沿线，4万日军及3.4万平民被征召担任技术人员。中共在抗战时期即建立了由日本人组成的"反战同盟"，许多反对战争的日本人、日本共产党参加八路军、新四军。抗战胜利后，中共又征召了大批日本专业技术人员入伍，中共空军的摇篮东北航校就是以日本军人为教官。1948年日本外务省的报告中就成，在东北中共军队中有约6万原日本军人。
日本投降后，在战争赔偿问题上，蒋介石国民政府尽管反对报复性赔款，但中国付出的惨重代价必须得到补偿，以上次世界大战法国获得德国赔款50%为例，希望中国能够获得日本赔款的50%。然而，对日合约延宕日久，国民党政府屡战屡败，1949年7月7日中共领导的新政协提出对日合约必须以新政权为谈判对象。随着蒋介石败退台湾，其合法性日趋受到质疑，为了获得各国的承认，国民政府将对日合约作为突破口，以放弃战争赔款的代价于1952年签订了对日合约。
最初，中共不承认对日合约，对于国民党政府放弃赔款称为“慷他人之慨”。但出于发展对日关系的需要，1957年周恩来在会见日中友协第一任会长松本治一郎时表示：“日本人民是无罪的，中国根本没有向日本要求赔偿的意思。”周恩来后来称，放弃战争赔款出于毛泽东的授意。1972年，中共与日本发表联合声明，在两国关系正常化的基础上，正式放弃了日本战争赔款。
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