1979年5月16日夜，林正谊游过海峡，从台湾叛逃到大陆。虽然需要泅渡的时间并不长，但是考虑到被两岸士兵击杀的危险，游泳本身的危险，逃亡后家里人的处境，林毅夫此举尚不能称“冒死”，也是有着极大危险。
2015年3月27日，北京大学国家发展研究院教授林毅夫在分论坛上发言
而在这之前，林正谊接受过蒋经国接见，是被宣传的楷模，属于党国重点培养对象。到了中国大陆之后，改名为“林毅夫”的林正谊先后辗转各地，最后到达了首都北京。
时为文革结束不久，林毅夫的台籍身份又极为敏感，他首先准备就读的中国人民大学就曾以“此人来历不明”为由把他拒之门外，最终是北京大学接纳林毅夫为北大经济系硕士生。1980年，刚于1979年获诺贝尔经济学奖的芝加哥大学荣誉教授西奥多·舒尔茨到访北大，校方指派林毅夫为舒尔茨翻译；舒尔茨对林的翻译和经济学上的领悟颇为赞赏，回到芝加哥后便安排推荐给林毅夫奖学金就读芝加哥大学经济系。
1982年林毅夫出国并成为舒尔茨的关门弟子，在他指导下完成博士论文。嗣后在1987年博士后毕业时，依然选择携妻儿一同回到那个并不富裕的中国，成为中国的第一位海归经济学家。
林毅夫的选择使得台湾社会各界一片哗然，更让国民党大佬难解其意。以至于2002年林毅夫生父去世，国民党仍以叛国罪为由，禁止林毅夫回台奔丧。令人啼笑皆非的是，反倒是民进党立委积极为林毅夫申请回台，甚至陈水扁都出言嘲讽马英九“一国两区的话，何叛逃之有”。
关于当年的抉择，林毅夫曾在公开场合多次讲过，在金门时，他的想法已经经历一场剧变，只想着：我想让中国富强，但是绝大部分中国人都住在中国大陆；所以，如果我到大陆，可以有更大的贡献。他的志向在于经济学研究的理论和实践，而实践，则必须在足够大的舞台上，究人的一生，大陆的改革开放恐怕是唯一能面对的舞台。
而这并不是他冒死回大陆的最根本目的。
林毅夫在寄给表哥的陈情信中袒露心迹，“台湾的未来，现在正处于十字路口，长期维持那种妾身未明的身份，对台湾一千七百万同胞来说，并非终久之计。因此何去何从，我辈应当发挥应尽的影响力。正如你来信所说，台湾不该独立，更不应该再次沦为次殖民地。那么台湾到底应该往何处去，这个问题长久以来，一直是我心中思索的主题。”思索良久的林毅夫最终找到了答案，回到了大陆一展抱负。
这个说法得到了曾经历过那个时代的学生认同，当时就读台大哲学系、参与校园运动的郑鸿生表示，他相当程度可以理解林毅夫入伍之后的惊人之举；当过兵的人，或多或少体会过军队体制的腐败与落后，热血青年林毅夫受到的冲击肯定更大，“那个年代，对国民党理想破灭的人多得是，有人加入党外，那他在部队里怎么办？他有个机会在前线。同是台湾大学校友的郑鸿生认为，林毅夫“虽然对国府的幻想破灭，但并没有失去对台湾前途的关切，而他新认识到的台湾前途却是在于中国的统一。......，这也是他当时冒着九死一生游到对岸的心志所在”。
附：
不但要做台湾的主人而且要做中国的主人
写给表哥李建兴的家信
建兴兄：临别之际，未及问你将来在东京的地址，因此上封信仅以姑且试之的心情投寄，真没想到竟能接到你的回音。转眼离家已近一载，虽说男儿志在四方，不能眷念儿女私情，而忘却肩上的责任；但是思乡之情却是随着日月的增长而加深。捧读来信之际，真让我深深地体会到了“家书抵万金”之心情。
回国以后，原想尽速给家里捎个消息，但顾及亲友的安全，故不敢莽撞从事。我的回国对台湾当局来说，当然是一件很难堪的事情，而我在台的知名度，更给了大陆一个很好的宣传机会。但为了在台亲友的安全，经我的要求，组织终于同意，只要台湾当局不对我的家属和亲友采取迫害行动，这边也就不以我的回国做文章。
在大陆这段时间，经组织的安排，我参观了许多地方，虽然总的来说，大陆在经济建设方面还相当落后，人民的生活水准也还很低，但基本上每个人是可以吃得饱、穿得暖的，这在中国五千年的历史上，不能不说是一项突出的成就。在社会主义建设上，中国应该有更高的成就，但是十年“文化大革命”的混乱，使整个中国的经济濒临崩溃的边缘。现在中国从上到下正在实事求是地检讨建国30年来的经验，从中吸取教训，以便为现代化的中国之建设而努力。
自从“四人帮”倒台以后，整个大陆正在以一个飞跃的速度向前进步，人民充满朝气和信心。我深深地相信，中华民族是有希望、有前途的。而做为一个中国人，是值得骄傲，是可以抬头挺胸昂立于世界之上的。基于对历史的癖好，我特地去参观了许多名胜古迹，但是长城的雄壮，故宫的华丽，并没有在我心里留下多少深刻的印象。最令我感到震撼的是，战国时代，秦李冰父子在成都所筑的都江堰。由于都江堰，使四川成为天府之国，而始建迄今已近三千年，但是它还在惠及众生。当我站在江边，听那滔滔的水声，真让我有大丈夫若不像李冰父子为后世子孙千万年之幸福，贡献一己之力量，实有愧此生之叹！
台湾的未来，现在正处于十字路口，长期维持那种妾身未明的身份，对台湾一千七百万同胞来说，并非终久之计。因此何去何从，我辈应当发挥应尽的影响力。正如你来信所说，台湾不该独立，更不应该再次沦为次殖民地。那么台湾到底应该往何处去，这个问题长久以来，一直是我心中思索的主题。基于对文化、历史、政治、经济和军事的认识，我觉得回归祖国是历史的必然，也是最佳的选择方案。
做为一个台湾人，我深爱这块生我、养我的地方，我愿为它的繁荣、幸福奉献一生的精力；但是做为一个中国人，我觉得台湾除了是台湾人的台湾之外，台湾还应该能对中国的历史发挥更大的贡献。长期的分裂，对大陆不利，对台湾不利，对整个中国的历史更不利。因此，如何在不损害台湾人民利益的前提下，促使中国早日再度统一，是我辈有志青年无以旁贷的责任。
现在大陆对台湾这30年来在经济、社会、文化建设上的成就，是充分肯定的；而大陆在提出和平统一台湾政策的同时，也再三保证，尊重台湾现行的状况和现行制度，不使台湾人民蒙受损失，不改变台湾人民的生活方式。而从我所接触中，感觉到大陆当局是充满诚意的。当然如何才能不降低台湾人民的生活水准，不改变台湾人民的生活方式，是一件非常复杂的问题，而我觉得将来台湾统一以后，最主要的工作还是经济方面。因此，目前我准备再以三年的时间，对经济理论问题再好好下一番工夫。
在台湾我虽也曾是被吹捧的对象，可是国民党对我只是利用，而不是真正的培养；现在这边则是真正重视我，培养我。
目前我的生活除了偶感单调寂寞外，一切都令人非常满意。上次在佳佳餐厅，我原有意将云英、小龙、小麟托你照顾，而如今你也已经离开台湾。云英一个女子要抚养两个孩子，其艰辛可想而知。小龙已经三岁，正是最需要父亲的时候，但却只能和他母亲相依为命。小麟出生，连跟父亲见面的机会都没有。我母多病，我未能尽人子应有之孝道，对于他们我实在有说不尽的抱歉，但望团圆之日早日来临。
对云英请代我多鼓励她。也请你转告大哥大嫂，要他们对家庭多负点责任，将来我会十倍、百倍奉还。云英的生日是2月16日，我母亲是农历五月份生的，我父亲是农历八月初七生，小麟应是阳历8月5日左右生的吧？小龙则是12月12日生日，这些日子若方便，请代我向他们送些礼物，我和云英之间有个小名叫方方，在礼物上写上这个名字，她就会了解的。
目前我唯一能联系的亲人就是你，但是你也应该特别小心，不要给国民党当局抓到任何把柄，免得惹来一身麻烦。消息最好采用口传，以免留下痕迹。现在你大概忙着准备四月份的考试吧！等考完试再进一步联系。请代我向建成兄嫂问好。最后，我们台湾人应有一个志气，不但要做台湾的主人，而且要做中国的主人，让我们为中国的统一、富强而努力吧！
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