有关特赦台湾前总统陈水扁的话题随着政党轮替再度成为焦点，台南、高雄市议会先后通过提案，建请马英九卸任前特赦陈水扁，以促进蓝绿和解。高雄市长陈菊和台北市长柯文哲也都表态支持由马英九来特赦陈水扁。但蔡英文对此避而不谈。
台湾中央社4月10日报道称，柯文哲10日赴高雄探视陈水扁，柯文哲当天透露，看到陈水扁绑尿袋、持拐杖、手不断抖得厉害；该怎么处理他的特赦案，盼大家用政治智慧好好处理。柯文哲9日首度表态，希望马英九特赦陈水扁，表达一种蓝绿和解的气氛。
随着台湾即将政党轮替，特赦陈水扁话题再次成为焦点（图源：中央社）
高雄市长陈菊10日在脸书贴文表示，呼吁总统马英九特赦前总统陈水扁，正是希望马英九总统掌握历史机遇，改变台湾，也创造自己正面的历史定位。她说，如果马总统做出这个正确重大抉择，“我们对于这个决策将不吝给予他应有的肯定”。
陈菊表示，马总统如果在卸任前夕，透过宪法赋予的权力特赦陈水扁，比起由民主进步党新政府做，更将是消解蓝绿对立、促进社会迈向和解共生一大步。她说，即使马总统主张诉讼未全部定谳、司法程序尚未完备，也可表态支持新政府未来特赦陈水扁，相信也能具不同凡响的意义。这一刻，正是历史机遇。
台湾《联合报》10日称，前行政院院长谢长廷表示，特赦陈水扁不是法律问题，是政治问题，若由马英九来做，可显出他的度量及蓝绿和解的机会，由蔡英文来做可能会有争议。
准副总统陈建仁8日由高雄市长陈菊、前卫生署长李明亮陪同，探视因案保外就医的前总统陈水扁后，9日召开的民进党临时全代会中，“特赦陈水扁”成为媒体关注的焦点。也许是沉浸在党内团结气氛中，临全会中没人提及“特赦陈水扁”的相关议题，在完成党章、内规等案修正后即宣布散会，比原定会议结束时间还提早了一个小时。蔡英文散会离开会场时，对于记者提问是否特赦陈水扁时仅微笑挥手，并没有停下脚步受访。
民进党立委蔡易余日前在脸书上贴出台高等法院5月13日将开庭审理陈水扁涉贪污治罪条例的通知书，质疑法务部选在5月20日前开庭动机不单纯。台总统府人士8日称，关于总统特赦是在个案判决确定后才会发生的问题，陈水扁所涉及刑案，仍有数案尚在审理当中。新北市长朱立伦10日表示，有关特赦陈水扁案，最重要的还是司法程序，司法程序未走完，马英九也没有资格宣布特赦。
台湾《中国时报》10日评论称，在此之前绿营一直要求重大事务上“看守政府”不能做决策，但如今面对特赦陈水扁这种重大且争议性十足的议题，却一改往日态度。事实上，要不要特赦陈水扁完全可以等蔡英文上任后再决定，泛绿之所以如此着急，当然是知道这是个烫手山芋，不希望由自己来处理，以免带来反效果。文章称，绿营所引用诸如“消弭蓝绿对立”的理由，根本站不住脚。谁都知道，现在蓝绿对立的加剧并非是因陈水扁定罪入狱这件事。
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