马英九总统已于昨天批准中研院长翁启惠3月底递出的辞呈，并在今（11）日表示，中研院长的遴选名单虽有瑕疵但不至于要退回，目前正在和3个院长候选人约见面，也会跟下任总统蔡英文交换意见。民进党晚间发表声明，认为马总统任期只剩6个工作天，做出如此重大人事决定是否适当周全甚或引发质疑，马总统应再商酌。
翁启惠中研院长请辞案已获马英九批准
对于中研院长名单，马英九接受节目专访时表示，中研院长的遴选名单是有瑕疵，但好像没有严重到要退回，目前也正在和中研院推荐的3人约见面，不管怎么做，都会跟下任总统蔡英文交换意见。
对此，民进党新闻部主任黄重谚指出，中央研究院是我国最高学术机构，院长人选的圈定是重大人事决定，攸关中研院稳健运作，现在距离马总统即将卸任只剩下6个工作天。如此重大人事在仓促间决定是否适当周全？是否恐引发社会质疑？建议马总统再为商酌。
同时，由中央研究院多位研究人员组成的〝中央研究院自由学社〞今天发表声明指出，马总统卸任在即，突然将中央研究院翁启惠院长解职，并表示将面谈中研院评议会送出的三位候选人，此决定实令人错愕。
自由学社声明表示，看守期总统不应做重大人事决定，造成法规疑虑，马总统一个多月前原已对外表示批示慰留翁启惠院长的辞呈，可他日改批为准辞吗？那有什么公文是不能批完再改的？另外，指派一位副院长代理，也违反研究院的法规。根据中央研究院组织法，副院长由院长遴选，并同其任期，副院长任期不得跨越院长任期，马总统在卸任前九日突然将翁院长解职，不但触犯了看守政权不当决定重大人事的禁忌，也打乱了中央研究院的法治体系。
声明指出，即将卸任之总统不应任命下届中研院院长。中央研究院乃我国最高学术研究机构，有别于政府行政单位，其院长任命也与五院院长的政治性质有所差异，需尊重学术自治的精神。是以中研院评议会就遴选候选人之学术成就、经历和理念，投票排序之名单，总统应予尊重；在卸任倒数计时之际马总统突然表示将面谈三位候选人并圈选，不但是重大人事决定，并误将学术首长当成政治首长，极不恰当。
声明也表示，中央研究院之主体是院内研究人员，不在研究院任职的院士为名誉职，仅两年召开一次院士会议，日前一些院士主张院长应该仅由院士们投票，或要求总统退回评议会送出之名单，我们并不认同；中研院组织法现行规定，由院长副院长与各所所长等当然评议员，加上院士们选出之聘任评议员所组成之评议会，以间接选举的方式选院长，虽不完美，但比前述院士的主张要符合学术自主，民主治理的精神。
自由学社除了在此谴责马总统粗暴之作为，仅剩几日之看守期不应僭越，也呼吁三位副院长应该遵守研究院的法规，同时请辞；此外也请新政府上台后依循惯例尊重中研院评议会之投票结果，任命新院长，这才是符合民主原则与学术自治精神的做法。
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