总统府发言人黄重谚1日表示，蔡英文在就任后，经过审慎检视过去总统府对本案的立场，并亲自听取中研院代理院长王泛森及遴选委员会召集人王瑜副院长说明遴选程序及适法性后，决定将继续进行院长遴选的程序；对于新任中央研究院院长遴选一事，总统府于2016年5月12日马前总统任内，已函复中研院表示遴选过程“于法尚无不合”。
总统府发言人黄重谚表示，新政府决定中研院长遴选延续马时期程序
黄重谚说，中央研究院是“中华民国”学术研究最高机关，总统蔡英文对于新任院长的遴选相当重视，也认为应慎重厘清部分人士对于院长遴选过程提出的疑义。因此在就任后，立即指示副秘书长刘建忻召集府内相关局处幕僚研商并调阅相关资料，了解5．20前总统府内项目会议的研议情形及后续处理。经查，中研院已于5月11日致函立法院及总统府，详细澄清外界对遴选程序的质疑，总统府也于5月12日函复中研院，认定此次中研院院长遴选过程“于法尚无不合”，因此中研院院长遴选结果的适法性，应已无疑义。
为求慎重，蔡英文也于5月26日，约见中研院代理院长王泛森及遴选委员会召集人王瑜副院长。王代理院长及王副院长向总统说明，院长遴选委员会的9位委员是在面谈所有被提名人后，以无记名方式投票选出4位候选人依序推荐给评议会做决定，展现了委员之间的高度共识，且遴选过程完全保密。遴选委员会为9位海内外院士所组成，虽然背景各不相同，但在各自的学术领域拥有崇高地位，有其自主性与判断能力，不可能如部分人士所疑虑，有人为操控的问题。
黄重谚表示，对于修改中央研究院评议会会议规则一事，中研院5月11日致立法院及总统府的说明中已指出，4月16日召开评议会时，于67位出席评议员中获得65票赞成，以接近共识决同意修订会议规则，其生效程序也符合相关法律、及过去修正会议规则的处理惯例。
黄重谚指出，蔡英文总统在听取各方面的相关报告后，认为无论根据520前总统府公开的对外说法或者是中研院的说明，都确定遴选结果的合法性及有效性已无疑问。黄重谚强调，总统与三位候选人皆不认识，但基于相信并尊重中研院评议会的结果，将会循惯例处理并依法启动总统遴选程序。
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