最高法认为，生态环境修复费用和服务功能损失赔偿金等款项的公益属性必须坚持。
我国的环境公益诉讼制度已全面铺开，但胜诉后获得的赔偿资金如何管理，却仍存争议。
7月25日，最高人民法院回应澎湃新闻（www.thepaper.cn）称，“最高人民法院一直关注并积极研究环境公益诉讼资金制度。鉴于该项制度尚处于探索之中，且相关事宜还涉及到与财政部门、环境保护主管部门的协调问题，因此在制定《环境公益诉讼解释》时对此暂不作规定，而是留待时机成熟时再加以规范。”
对于各地的试点模式，最高法称，只要与环境公益诉讼制度的设立目的不相违背，适合于当地情况且有利于执行的资金使用管理制度，都允许探索。
对于贵州与中国绿色发展基金会合作，探索在该基金会设立专项基金账户管理环境公益诉讼资金的做法，最高法称，如绿发会本身就是原告的话，那与《环境公益诉讼解释》制定的初衷不符。因为环境公益诉讼资金是公益性质，法院之所以不能判令向公益诉讼原告支付上述款项，就是为了防止挪作他用。
最高法：会同有关部门推动环境公益诉讼资金制度尽早建立
在环境公益诉讼司法实践中，一旦原告胜诉，败诉被告就会支付巨量的资金，根据最高法出台的相关司法解释，这笔资金主要包括生态环境修复费用和生态环境服务功能损失赔偿金。
北京市朝阳区自然之友环境研究所法律与政策倡导总监葛枫担忧的是，目前的司法解释对生态修复资金的使用方式尚无明确规定，“各地做法不一，一旦生态修复资金没能有效用于生态环境修复，将会使环境公益诉讼的意义大打折扣。”
澎湃新闻采访获悉，对于判决生效后的生态修复资金的存放保管和使用监管问题，目前各地的探索模式包括两种：一种是上交财政，一种是建立专项基金，或由基金会代为看管。
从目前的司法实践来看，多数法院将判决被告支付的生态环境修复费用以及服务功能损失赔偿金作为非税收入上交地方财政。
在中国绿发会副秘书长马勇看来，一旦钱进入财政账户，易进难出，要谨防其成为“僵尸资金”。“环保组织这么辛苦去做环境公益诉讼，这笔钱无法用到生态环境修复上，公益诉讼的意义就大打折扣。
海南、昆明、贵阳、无锡、龙岩等地法院采取的则是设立环境公益诉讼专项基金或专项资金账户等方式，受领生效判决判令被告承担的生态环境修复费用以及服务功能损失赔偿金等款项。
如昆明市根据2010年起施行的《昆明市环境公益诉讼救济专项资金管理暂行办法》，由昆明市人民政府建立环境公益诉讼救济专项资金，资金来源主要包括财政拨款、人民法院判决无特定受益人的环境损害赔偿金、侵害环境案件中的刑事被告人自愿捐赠的资金和存款利息。
而救济资金的用途包括单位、环保组织提起环境公益诉讼所需支出的调查取证、评估鉴定等诉讼费用；对因环境公益诉讼案件侵权人给环境造成的损害进行修复的费用；对无财产可供执行的环境侵权案件的受害人进行救助的费用。
“昆明市环保局是专项资金的管理人，但环保局对这笔钱无法支配和使用，申请人需向市政府申请，审计局有监督的责任，我们法院有督促的职责。”昆明中院环境资源庭庭长王向红说。
最高法称，将在进一步加强理论和实证研究的基础上，合理借鉴国外的经验做法，会同有关部门推动环境公益诉讼资金制度的尽早建立。
赔偿金交由原告管理与司法解释制定的初衷不符
由于目前法律、司法解释对环境公益诉讼资金的性质和使用并未作出明确规定，导致各地的做法并不一致。
对于各地的不同模式，最高法称，只要与环境公益诉讼制度的设立目的不相违背，适合于当地情况且有利于执行的资金使用管理制度，都允许探索。“各地法院实践中积累的经验做法和暴露出的问题不足，对于建立符合中国国情的公益诉讼资金制度将提供有益的借鉴。”
但对于贵州与中国绿色发展基金会合作，探索在该基金会设立专项基金账户管理环境公益诉讼资金的做法，最高法表达了异议。
最高法解释，对于专项基金的设立和管理问题，民政部在《关于进一步加强基金会专项基金管理工作的通知》中明确，基金会专项基金接受基金会统一管理，不具备独立的法人资格，基金会要监督专项基金使用带有基金会全称的规范名称，专项基金不得以独立组织的名义开展募捐、与其他组织和个人签订协议或开展其他活动。
最高法认为，生态环境修复费用和服务功能损失赔偿金等款项的公益属性必须坚持。《环境公益诉讼解释》明确规定，生态环境修复费用和服务功能损失赔偿金等款项应当用于修复被损害的生态环境。正是从公益诉讼的公益性目的出发，人民法院不能判令向公益诉讼原告支付上述款项，以防止出现挪作他用的情形。
“因此，在基金会本身就是环境公益诉讼原告的情形下，由其对败诉被告所支付的环境修复赔偿费用以及服务功能损失赔偿金等款项进行管理，与司法解释制定的初衷不符。”最高法在给澎湃新闻的回复中写道。
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