原定每周一进行的＂执政决策协调会议＂不因假期停摆，改在星期二（11日）晚上，由蔡英文在总统府内亲自召集、讨论会商。总统府发言人黄重谚转述会议内容表示，对于政府组织再造工作，将依行政院提出的＂两阶段组改＂的规划，裁撤蒙藏委员会；陆委会和经济及能源部原有＂组织条例＂将完成＂组织法立法＂，并精简福建省政府、台湾省政府及台湾省咨议会人事，还要完成＂中央行政机关组织基准法＂修正，使三级机关得采取政／常务任用的双轨制，强化机关专业、让政府可以引进更多外部人才。
黄重谚表示，今天会议行政院人事行政总处施能杰人事长也针对政府组织再造列席报告表示， 民进党在上次执政，就已针对未来政府组织、功能的再造与强化，完成了整体规划；2010年国民党执政时，行政院组织法的修正也大致按照原本的设计，设立29个部会，之后也陆续进行了个别部会组织法的立法。
施能杰说，时至今日，仍有部分机关还没有完成组织改造的工作，其中包括内政部、经济及能源部、交通及建设部、农业部、环境资源部和大陆委员会等未完成组织法立法；蒙藏委员会、核子能委员会和公共工程委员会等3机关组织法也未完成废止。另外，海洋委员会虽于2016年初完成立法，但因为执掌有争议，所以尚未施行。这些未完成组改的部份，其中部分仍存在争议，确实需要更多的讨论；但也有一部份已有共识，可以立即推动。
2016台湾双十庆典（图源：中央社）
蔡英文在会中裁示，行政院今天在会中提出＂两阶段组改＂的规划：第一阶段处理共识性较高的部分，包括陆委会和经济、能源部组织法修正，以及蒙藏会的裁撤。其中，蒙藏会的裁撤已在2010年修正的行政院组织法当中明确规定，未来其业务将依性质交由合适的各相关部会承接。其余部会的组改工作，则将列入第二阶段办理，交行政院会持续检讨，并设定推动期程。
此外，台湾省政府、福建省政府、台湾省咨议会三个机关，业务与功能已萎缩，将持续进行人员精简。
蔡英文表示，组织改造当中有关人才晋用的制度，重点应在于＂强化政府专业＂，而不是＂保障内部升迁＂。目前三级机关首长除健保署之外，均限制由文官担任，无法让外界具有实务经验和创新思维的专业人才，进来政府服务。行政院将尽速提出＂中央行政机关组织基准法＂修正案，使三级机关首长有一定比例得采取政务/常务任用的双轨制，以强化机关专业、活化人才晋用管道，让政府可以引进更多外部人才。
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