中央和地方财政投入是我国科技研发经费的重要来源，是国家基础前沿研究、战略高技术研究、社会公益研究和重大共性关键技术研究的重要保障。在科技投入总量和强度都大幅提高的情况下，我国的科技管理方式还不能完全适应，资源配置方式和效率有待进一步提高。
目前，政府财政资金资助科研项目的过程大概如下：第一，政府科技部门咨询相关专家意见，根据当前科研现状，结合国家需求，发布科研项目指南；第二，科技人员根据发布的项目指南，填写项目建议书；第三，政府科技部门组织专家对项目建议书进行评审，确定项目支持资金，并与项目承担单位签订开发合同；第四，项目承担单位获得项目扶持资金，根据开发合同要求完成相应开发；第五，政府科技部门组织项目验收，并支付尾款。
这种资助方式在一些重大项目研发中发挥了重要作用，但对多数科研项目而言，这种方式也存在一些弊端。
一是重指南轻成果。项目申请过程中，科研人员按照项目指南的框架编写项目计划，从项目指南发布到组织填写项目建议书之间的时间很短，项目计划书需涵盖包括技术现状、已有成果、预期成果指标、研究方法等大量内容，且最终验收成果须与预设成果指标相吻合，客观上要求参与单位在某一领域事实上已近乎完成项目才能申请。这样就形成了一个悖论，政府投入的资金是为了引导科研人员在某一领域进行研发创新，但事实上投入的资金只是用于购买近乎完成的研发成果。
二是重资质轻能力。项目评审需要满足单位性质、人才资质、仪器设备、研究历史等大量限制条件，使得政府资助资金主要投放给有资质、有经验的单位。政府根据专家评审意见选定资助项目，与相关科研单位签订开发合同后，项目资金都为项目科研单位所独占。无论本单位科研成果进展如何，无论社会上其他单位是否有更好的想法，是否更符合科研创新的方向，在一两年甚至更长时间的合同期内，政府资助都很难变更。很多民营中小企业，即使有很好的创新思路也很难获得资金支持，事实上减少了科研项目指南引领科研方向的作用。
三是重审批轻管理。政府投入资金资助项目，意味着必须投入大量精力对项目的选择、项目的运行、资金的使用全过程进行监管，并需要保证项目成果与预期一致。相关部门为此制定大量的科研项目管理条目，引入各种审计手段，一定程度上给科研人员造成束缚。在结题时科研项目总是与预期科研结果一致，但最终科研结果是否满足市场需要就不一定了。
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