台湾海洋调查船去年有八次闯入钓鱼台列屿周边的日本专属经济海域，是十年来最多的一年，可见台湾对海洋权益的意识高张。台湾外交部响应表示，台湾和日本专属经济海域(EEZ)重迭情形严重，双方对专属经济海域划界的立场不同，中华民国政府一贯坚持海洋调查船有权在自己的经济海域内从事海洋科学调查活动。
台湾从2008年起，几乎每年都有海洋调查船没有获得日本同意就进行海洋调查，而且有增加的趋势。出没的地点包括冲绳县石垣岛、钓鱼台列屿，和与那国岛周边海域。台湾海洋调查船还向海中抛掷类似铜线、电线等，日本海上保安厅巡逻船与飞机发现后，当场警告，要求停止，但台湾的调查船都不予理会。
台湾科技部则表示，海洋调查研究船每季出发前，都会确定研究区域是在中华民国政府画设的「暂订执法线」内，但日本当然不会承认，台湾也不认为在自己经济海域内从事海洋调研，是入侵别人海域，而且日方并不愿意跟台湾坐下来好好谈。
台湾外交部表示，基于维系台日友好关系的考虑，双方在去年召开的第一届台日海洋事务合作对话会议中，已经同意成立「海洋科学合作工作小组」，希望未来经由这个小组的协商机制，与日方就重迭海域的海洋科学调查活动，达成双方都可接受的合理安排。
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