1949年1月，焦躁不安的傅斯年心里乱成一团，他在寓所书房里绕室不停地踱着方步，嘴里念念有词地反复吟咏道:“种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改。柯叶自摧折，根株浮沧海……”房间里散落一地的宣纸条幅上，龙飞凤舞地书写着陶渊明这首《拟古》，枯干的墨迹处处触目惊心，散乱的苍遒大字犹如理不清的愁绪在纠缠。
记得去年年末最后那一夜，傅斯年是与老师胡适一起度过的。两位知识界的领袖悲壮地把酒临江，含泪把这首《拟古》逐字逐句地背过，竟生出英雄末路的沉痛来。山河改色，天翻地覆，他们面对国民党颓局一筹莫展，却在陶渊明千年前委婉其辞的比兴中找到了共鸣，这隐晦而忧伤的字句几天里一直在傅斯年的脑海盘旋。现实的一切让傅斯年不悲痛是不可能的，他倾注心血多年耕耘，终究收获的却是虚无，播下的是龙种，收获的却是跳蚤，这不能说不是一种悲哀。
不知不觉，傅斯年把自己关在房间已经三天三夜了，这些日子来他没有迈出门槛一步。人虽身处斗室之间，外面隆隆炮火声却让他无法平静。他所投注大量心血的历史语言研究所（简称:史语所）此时已是一片狼藉。这史语所是傅斯年一手创办的，记得1927年中央研究院设立时，傅斯年说服当时的院长蔡元培设立了史语所，经他的率领，不过半年筹备就立刻成军。当时史语所共有历史、语言及考古三组，傅斯年分别聘请陈寅恪、赵元任及李济为主任。傅斯年主持史语所后的第一件大事，就是筹备安阳殷墟的考古发掘。他史无前例地开创了“史料学派”，提出了“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西”的原则。
在傅斯年的领导下，史语所的安阳殷商遗址的考古获得了举世的推崇，接着他率领同仁们收集整理散落民间的清“内阁大库档案”，进行各省的方言调查等等，赢得极高的社会和学术影响。时过境迁，位于鸡鸣寺路1号的史语所整个已是一派树倒猢狲散的凄凉，全部图书、仪器、标本、明清内阁大库档案以及其他研究资料，均安全运达台湾基隆，被妥善安置在杨梅镇通用公司仓库暂存，所里大部分人员都随同往台。剩下的只有几个未被遣散的工友，凄惶如丧家之犬。
风雨如晦，鸡鸣不已，史语所附近的鸡鸣寺钟声在仓皇风雨下又响起，让百感交集的傅斯年顿生凄凉，不禁回首起这几十年来的往事。出生没落世家的他幼年丧父，凭借着刻苦勤奋进入了北京大学，在这里沐浴到了新文化的风雨。因主编《新潮》宣传民主与科学新思想，在学生时代就享有盛誉。记得当年巴黎和会中国外交失败，5月4日那个上午，北平的大学生集会抗议，他被一致推选为主席。当日下午，他扛着大旗率领游行队伍直扑赵家楼，一举成为名震南北的学生领袖。少年得志是何等快意！他在国危世乱的20世纪三四十年代开始崭露头角，可谓为中华文化的传承发展效了绵薄之力。抗战这几年他奔走操劳，殚精竭虑为民族效力，可是抗战胜利后国共内战又起，虽曾为国共和谈斡旋奔走，却最终没有能阻止这场内战。目前国民党政权失败已成定局，何去何从，却难以决断。
傅斯年瞻念未卜之前途，留恋乡土之情顿生，思前想后，十分伤感。他习惯性地摸了摸口袋，里面的安眠药还在，这些日子夜不能寐的他全靠这东西来麻痹自己。傅斯年准备这些安眠药还有其他用途，那就是在紧急关头可以随时吞药自杀。这可不是他一时冲动的念头，他此时的想法就像每个王朝的遗老一样，随时准备以身相殉于没落的政权。傅斯年的夫人俞大彩这几天一点也不敢疏忽怠慢，
一直紧张地守在门外，她担心丈夫在极度郁闷下旧病复发有个三长两短，又生怕他随时有轻生的危险。
提到服用安眠药自杀，去年11月傅斯年的老朋友----国民党中央政治委员会秘书长、蒋介石的“文胆”陈布雷，就是这样自杀身亡的。陈布雷耿介清正，虽贵在一人之下万人之上，却不曾染上政客作风，与傅斯年颇多相似之处，所以两人引为同志。陈布雷一辈子“从政而不懂政治”，留下的遗书称“今春以来，目睹耳闻，饱受刺激”，致使“衰老疲惫，思想柘涩钝滞”，坦言自尽之举实出于心理狂忧下之万不得已。挚友的自杀对傅斯年来说打击甚大，他也准备了安眠药想追随陈布雷而去，因为近日来悲伤与绝望交织的心境下，亦产生了同故人一样的对人生和未来的虚幻。傅斯年对来看自己的朋友陶希圣说:“现在没话说，准备一死。”
士为知己者死，傅斯年准备赴死既是为了故国，又是为了他所寄托的理想。深受中国传统文化深刻影响的傅斯年，一直以来就像《水浒》里的英雄好汉一样，只反贪官不反皇上。他这些年一再对其弟傅斯岩说:“祖父生前所教我们兄弟的，净是忠孝节义，从未灌输丝毫不洁不正的思想。”生性耿直倔强的他虽不参政却议政，“他心里想说什么就说什么。他说一就是一，说二就是二，其中毫无夹带别的意思，但有时因此会得罪人”（蒋梦麟《忆孟真》）。正是凭着这股倔劲，这份真诚，傅斯年在20世纪三四十年代的政坛上成为一位特立独行的人物。
其中最为人称道的是，他曾上演一幕“触龙麟”的好戏。1944年，傅斯年在参政会上向行政院院长孔祥熙发难，揭发其在发行美金公债中贪污舞弊:“抗战以来，大官每即是大商，专门发国难财。我们本是势力国而非法治国，利益之到手全不管一切法律，既经到手则又借法律名词如‘信用’、‘契约’等以保护之，这里面实在没有公平。”接着傅斯年大声疾呼，“惩罚贪污要从大官做起！”骂完孔祥熙他又骂蒋介石，说蒋在训斥国民党的中央委员时还在说孔祥熙根本不贪污，真是叫人丧气啊!
会议结束后，蒋介石为了拉拢他亲自请吃饭，为连襟孔祥熙说情，蒋介石在筵席上问:“你信任我吗？”傅斯年斩钉截铁地答曰:“我绝对信任。”蒋介石于是正色道:“你既然信任我，那么就应该信任我所任用的人。”傅斯年立刻愤愤不平地说:“委员长我是信任的，至于说因为信任你也就该信任你所任用的人，那么，砍掉我的脑袋我也不能这样说。”他直言不讳地在蒋介石面前放言规劝说:“我拥护政府，不是拥护这班人的既得利益，所以我誓死要和这些败类搏斗，才能真正帮助政府。”使上倔劲的傅斯年先后和孔祥熙、宋子文两任行政院长死磕到底。1947年傅斯年发表檄文《这个样子的宋子文非走不可》，迫使他们黯然下台。
傅斯年因如此耿直敢言，所以人送外号“傅大炮”，这个“大炮”发起威来是非常有霸气的。抗战胜利之际，他奔赴北平恢复北大日常事务，很多人推荐他担任北大校长，他坚辞不任却诚心诚意地保举了仍远在海外的胡适。让人匪夷所思的是，他又坚决要求去北大当一段时间的代理校长。原来他不是有什么官瘾，而是认为像胡适这种好好先生，不忍心得罪人，所以他这挺“大炮”要强出头，把那些沦陷时期出任伪职的人员一个个开除出局。比如周作人就是其中一个。有好多人来找傅斯年说情，“傅大炮”一概不给面子，他誓与“汉贼不两立”，坚决要把与伪政权合作过的教授统统扫地出门。
1947年，蒋介石改组政府，考虑拉胡适入阁担任国府委员兼考试院长。蒋介石曾写信给傅斯年，希望他帮忙请胡适入阁从政，而傅斯年却在写给老师胡适的信中阵前倒戈:“蒋表面上要改革政治，实则缺乏起码的改革诚意。借重先生您，全为大粪堆上插朵花！只要先生您坚持不可，非任何人能够勉强。您三十年之盛名，不可毁于一旦，令亲者痛，北大瓦解。我们自己要有办法，一入政府即全无办法。与其入政府，不如组党；与其组党，不如办报。我们是要奋斗的，唯其如此，应永远在野，盖一入政府，无法奋斗也。”傅斯年这番话多少是发挥了作用，胡适最终留在了北大。
可惜这个一向以自由主义之士鸣世的“傅大炮”，在深厚的传统文化和“正统观”阴影的影响下，政治立场上却呈现出鲜明的倾向性。他身上有着浓重的从一而终和忠孝仁义的思想，在他看来国民党政府是中国唯一的合法政府，他对共产党一直怀有敌意。他既不可能因为鄙夷国民政府的腐朽无能而拂袖而去，也不可能在目睹共产党的蓬勃兴盛而弃暗投明，更不可能逍遥地在国共之外的有限空间里游走独存，擎起不偏不倚、不温不火的“第三条路线”的大旗。他必须做出选择，并且只有一种可能性----拥护国民党政府。他得出一个令人啼笑皆非的结论:“中国的政治，若离开了国民党，便等于没有了政府。国民党不是没有问题，但还算差强人意，有政府总比没有政府要好。”
傅斯年一生虽痛恨国民党政权的腐败，却依然把国家的前途寄托于国民党，他同国民党始终保持着一种“疏而不离、亲而不近”的关系，宛如一对有“孽债”的父子，虽然血脉相连，却一直矛盾不断。作为“老子”的傅斯年，
对于一塌糊涂的国民党政权是“哀其不幸，怒其不争”，但是常言道“恨之愈切，爱之愈深”，傅斯年放不下对国民党这个“孬种”的牵挂与责任心，不断地指指点点，打打骂骂，深陷在政治漩涡当中。正如他所言:“我本以不满于政治社会，又看不出好路线之故，而思遁入学问。偏又不能忘此生民，于是在此门里外跑去跑来，至于咆哮，出也出不远，进也住不久，此其所以一事无成也。”这虽是他的自谦之言，但是也透露出其身心的无奈与窘困。
蒋介石看人、用人是非常有一套的，他对傅斯年的忠心自然看得清清楚楚，心底认为傅“确系党国一个难得的人才”，对他非常重视和器重，并一再予以重用。蒋介石本人对傅斯年经常性的批评和劝告，表现出难得的虚心纳谏的雅量，时常能接受多少是多少，一般从不去计较他的犯上。蒋介石爱才惜才，知道傅斯年的身体不太好，还特意在1947年安排他去美国治病。
在傅斯年去美国期间，国民党立法委员会选举，蒋介石依然提名傅斯年为立法委员。傅斯年知道后一再写信坚辞不就，说自己乃一介书生，世务非其所能，并说:“如在政府，于政府一无裨益，若在社会，或可以为一介之用。”傅斯年明白他与国民党“父子”关系的合理之处，若是再亲密一步，他精神独立的地位将一去不复返。作为在野之人或徘徊在政府外围，既可以自由“放炮”发飙，又能同政府处在“老子”教训“儿子”的宽松状态之下，并不用考虑各种繁文缛节而少受拘束，避免了令人生厌的勾心斗角。自己一旦跨入政府大门，就如同媳妇过了门，一切身不由己了。
蒋介石个人对傅斯年确有知遇之恩，但傅斯年并没有因为这层关系，就放弃了自己的独立性。他虽与国民党有很多渊源，但终其一生还是不肯加入国民党，这次不肯加入政府也是他一贯的坚持。蒋介石执意让傅斯年这个民主人士点缀自己党国政府的门面，
最后不得不动用各种关系*番来做傅斯年的思想工作，
傅斯年百般无奈之下只好退了一步。
1948年初，傅斯年远在美国就医，接到几次关于院士选举的文件，等他8月从美国治病回来后，国内国共形势已经不可同日而语，国民党政权早已江河日下摇摇欲坠。就在这风声鹤唳、风雨飘摇的政局下，傅斯年依然积极组织并参加了中央研究院遴选中国的第一批院士的会议。这次会议一共选出81名院士，囊括了各学科的顶尖专家。院士分人文、数理和生物三组遴选产生。各组院士都是业界赫赫有名的顶级高手，生物组接近世界最高水平，数理组与世界顶尖水平不相上下，人文组几乎达到世界一流水平。
人文组的遴选由胡适和傅斯年各拟一个名单，胡适提名17人，傅斯年提名21人，相同的人选有15人，所谓英雄所见略同。两人都提了郭沫若，虽然郭沫若的品行操守不敢让他们苟同，政治立场也不一样，但郭的确是有点真才实学，可见傅斯年与胡适是任人唯贤。但对治学门径不同的钱穆，他们却没有那么大度，所以这让后人诟病傅斯年有“学霸”作风。
比较耐人寻味的是，在傅斯年的提名中自己大名赫然在列，胡适则大公无私地不提自己，两人性格由此可见一斑:有“大炮”之称的傅斯年性格磊落，不怕蜚短流长；胡适则秉性柔韧温和，广结善缘而少有敌人，包括与他笔战的私下也成为了朋友。胡适不提自己，符合他的为人；而傅斯年不提自己名，就显得有点矫情了。
强将手下无弱兵。这次院士评选中，傅斯年麾下的史语所独占鳌头。史语所陈寅恪、赵元任、李济、梁思永、李方桂、董作宾、吴定良等8人悉数名列人文组院士中。傅斯年大有天下英雄尽入我毂中之势！这么多年管理史语所，傅斯年真是功莫大焉!
“抢救大陆学人”
一切都预示着国民党政权末日的来临，傅斯年不是什么政治人物，他此时此刻所考虑的是学术机构的去留和学术研究的前景。他一向认为共产党是“土匪流寇”，他们也许会毁灭了文化研究，断送了学术前途。在这个成见的左右下，傅斯年找到蒋介石，建议将一批珍贵文物资料运出北平，同时设法劝一些学者离开北平赴台湾。
蒋介石盘算着日后的退路，看着自己身边人才凋零，退守也总是需要一些知识分子来支撑门面，更何况将这些大科学家、大学者留给共产党，无疑是助长赤焰。他考虑除了把国库的黄金储备以及故宫博物院、中央研究所、北平图书馆的图书文物运往台湾外，同时也不要放弃对高级知识分子的“抢救”工作。
蒋介石批准傅斯年的建议，倚重傅斯年与朱家骅负责“抢救大陆学人”。在具体执行上，由傅斯年同陈雪屏、蒋经国三人组成小组，协助者为教育部长、国防部长、华北剿总。他们磋商谋划细节办法，来“抢救”平津学术教育界知名人士。这样就出现了蒋介石在败离大陆前的“抢救大陆学人”那一幕，这与蒋介石在经济上抢运国库储存的黄金美钞比肩并行，为蒋介石日后在台湾经济文化的复苏打下了基础。
傅斯年认为有四种人必须“抢救”送赴台湾:各院、校、会负责首长；中央研究院院士；因政治原因必须离开大陆者；在学术上有贡献者。傅斯年在大陆的最后这些天，一直东奔西跑，他联系交通部、教育部、行政院……安排“抢救学人”需要的飞机。席不暇暖，茶饭不思。自己的朋友、同事还在北平，古道热肠的他不可能扔下他们不管。
很快他与陈雪屏和蒋经国商议拟定了需要“抢救”的名单。在这次南京政府派飞机去北平接取的著名学人中，北平各个大学均列了一个详细的名单，而名单均是傅斯年所拟，几乎是清一色的有成就的知识分子。在第一份名单里，院校负责人包括汤用彤、饶宗泰等，因政治原因抢救的如毛子水等，在学术上有所贡献的如杨振声、罗常培等。傅斯年的老师和挚友胡适自然是抢救的首选和重点。
无论是于公还是于私，胡适都是傅斯年要“抢救”的第一号人物，当年胡博士从海外学成归来，年纪轻轻就被礼聘为北大教授，他的课堂里一时间听众如云。作为国学大师黄侃与刘师培高足的傅斯年在同学怂恿下负责去探下虚实，他们之间一听一问，一问一答，胡适站在讲台上就心里发毛了。后来胡适坦言像傅斯年这样的学生，当时国学根底跟自己是难分仲伯，所以从那以后，胡适上课常常是提心吊胆，无形的压力之下，他不得不激励自己要加倍用功。而傅斯年听了年轻有为的胡博士的课后，被其“截断众流”从周宣王讲史的方法所震动，向同学们力保胡博士并非徒有虚名，并毅然从太炎学派和仪征学统中改投胡适门下。从此他们便建立起了亦师亦友的特殊关系，而且在最后政治抉择上都站在了蒋介石一边，成了拴在一条绳子上的“蚂蚱”。
1948年1月14日，傅斯年派飞机去北平接取大学教授，当时的秘书长郑天挺觉得不大好办，决定公开此次计划，让离开北平的人去登记。15日傍晚6点半，胡适乘坐的飞机抵达南京明故宫机场，傅斯年与王世杰、朱家骅、蒋经国等一起到机场迎候，并把学人们安顿在位于赤峰路的一座招待所。
当晚傅斯年劝说情绪低沉的胡适，并与胡适、朱家骅等一起商量再次“抢救”空运北平同仁的名单。就在胡适与陈寅恪等人飞离北平后的第6天，1948年12月21日，傅斯年安排的飞机接回了清华大学校长梅贻琦率领的第二批被“抢救”的学人，同机到达南京的还有李书华、袁同礼、英千里等人。
当此大军压城城欲摧之时，咨询消息不再畅通，“抢救”也变了调子。傅斯年原来信心满满地以为还会有许多名教授“忠于党国”，大义凛然地飞回南京，结果竟让他大失所望，飞机上下来了许多不相干的人。因为飞机上有不少空位，连袁同礼的老妈子也下了飞机。原来“抢救”名单上有的人转向进步而不愿同国民党同流合污，有些讲师助教们却因有家属在南方要南行，抢得这次难得的机会。甚至有天派了五架飞机到机场，却应者寥寥，北平大多数学者都选择留了下来。傅斯年懊恼不已，不得不停止了飞机“抢救”。
“抢救”来的这些学者除了胡适去了美国，陈寅恪南下广州，其余的在傅斯年的安排下大多顺利转移到台湾。傅斯年内心企图把台湾作为反共基地，作为中华“正统”文化传承和发展的血脉。傅斯年日后在就任台湾大学校长时，所写《台湾大学与学术研究》道:“现在台湾不仅不是殖民地，而且是‘斟灌一旅一成’的根据地，将来‘祀夏配天，不失旧物’，正靠这一个宝岛，赤县已沉，瀛洲遂为正朔所在。”这里傅斯年荒谬而顽固地认为国民党为“正朔”，台湾乃中华文化的根据地。
正是这种政治正统观的误导，使得傅斯年对共产党一直存有偏见，导致双方向来格格不入。傅斯年与毛泽东在北大时就是旧识，两人曾做过一些私下的交流，但总归是道不同不相为谋。1945年7月傅斯年与毛泽东亲密接触过一次，他与黄炎培等5人被推选为代表飞赴延安，与共产党商谈国共合作事宜。傅斯年在延安停留了几日，他与毛泽东两人单独聊了一夜。
那一夜，傅斯年与毛泽东两人上天下地地谈开，谈到中国的小说，傅斯年发现毛泽东对坊间的各种小说都了如指掌。傅斯年认为毛泽东是从这些材料里研究民众心理，所以心底认为他不过宋江一流。二人在言及五四往事的时候，傅斯年不忘挖苦毛道:“我们不过是陈胜、吴广，你们才是项羽、刘邦。”毛泽东在赠傅斯年的字幅中，题了首诗回敬道:
竹帛烟销帝业虚，关河空锁祖龙居。
坑灰未烬山东乱，刘项原来不读书。
这首是唐人章碣的《焚书坑》，诗中毛泽东以“刘项原来不读书”来自比，自谦没有傅斯年书读的多，言下之意耐人寻味。
关于毛泽东与傅斯年的隔阂，斯诺《西行漫记》里有段毛泽东谈及的细节:“在那些来阅览的人当中，我认出了一些有名的新文化运动头面人物的名字，如傅斯年、罗家伦等等，我对他们极有兴趣。
我打算去和他们攀谈政治和文化问题，可是他们都是些大忙人，没有时间听一个图书助理员说南方土话。”当时傅斯年为名噪一时的五四健将，而毛泽东则是一个相当于师范中专毕业的临时图书助理员，两者相形之下地位悬殊甚大。这些心理阴影可能造成了日后毛泽东对傅斯年没有好感，同时也正是傅斯年不可能对毛泽东产生佩服之情的一个根源。
傅斯年在延安访问时，看到会议室礼堂里密密麻麻地挂满了各地送来的锦旗，心直口快的“傅大炮”忍不住了，语带讥讽地说:“堂哉，皇哉。”毛泽东听出了其中的嘲讽意味，心里自然很是不爽，但碍于情面没有出声。当傅斯年遇见黄炎培等人时，发觉他们竟然把毛泽东送的土织毛毯，好像当作皇帝钦赐饰终大典的陀罗经被一样供奉收藏，让自诩清正的傅斯年极为鄙视和反感。
这次短暂的延安之旅，昭示了傅斯年同共产党之间形成政治信仰的鸿沟，这是一条无法逾越的天堑。
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