2维（2D）培养的局限性和3维（3D）培养的优点引来诸多关注，一场细胞由2D培养走向3D的变革正在发生。3D培养系统大体可分为两种类型：基于scaffold的培养体系和无scaffold的培养体系。要想清楚的知道细胞或组织器官培养后的形态结构或者一些标志物特征，将3D培养的细胞做成组织切片放在载玻片上，再做H&E染色或其他染色非常有用。
这两张图显示长PET膜上的细胞培养的方法:
第一步：切膜
在切膜或琼脂糖凝胶包埋前细胞要先用4%的多聚甲醛或10%中性福尔马林固定1小时左右。下图为有细胞的PET膜，用剪刀剪成4片。
没膜的细胞pellets，当然不用切膜：
第二步 琼脂糖凝胶包埋
下图为包埋好的PET膜
悬浮3D Sphere 细胞直接与琼脂糖凝胶混合。
这是细胞和琼脂糖凝胶的混合液冰上变硬后的尊容。
第三步 组织处理―脱水、脱脂、浸蜡
琼脂糖凝胶包埋好的胶块放入cassette准备处理。
将放有琼脂糖凝胶包埋好的胶块的cassette放入全自动半封闭组织处理仪里脱水、脱脂、浸蜡。
第四步 石蜡包埋
第五步 修片和切片
第六步 染色
H&E染色，特殊染色和免疫染色
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