Y染色体是男性的象征，它携带着“SRY”基因——该基因决定胚胎发育成雄性(XY)还是雌性(XX)。然而，Y染色体仅含少数其它基因，且是唯一一条非必需染色体。此外，Y染色体正在迅速退化。若依照当前速度继续退化下去，Y染色体在460万年后就会彻底消失。
不过，Y染色体并非一直如此。1.66亿年前，在第一批哺乳动物中，Y染色体和X染色体差不多长，且携带同样的基因。然而，Y染色体存在固有缺陷。它仅以单条(而非成双)形式存在，从父亲遗传给儿子。这意味着，Y染色体上的基因无法经历“基因重组”——基因重组有助于消除有害的基因突变。因此，Y染色体随着时间不断退化。
但近期研究表明，Y染色体发展出了某些机制，能够减缓基因丢失的速度，最终或许能够停止退化。举例而言，一项丹麦研究表明，男人的Y染色体容易发生大规模结构重排，导致“基因扩增”。此外，Y染色体演化出了一些不寻常的“回文结构”，这能够防止进一步的退化。他们发现，Y染色体上的回文序列的“基因转换”率非常高。
针对其它物种，也有越来越多证据表明，Y染色体正在进行基因扩增。在制造精子、调控后代性别比率(至少就老鼠而言)上，这些扩增基因非常重要。证据表明，老鼠的基因扩增是自然选择的结果。
那么，Y染色体究竟会不会消失？目前，科学界分为两派：一派认为，Y染色体的防御机制能够奏效，最终挽救Y染色体；另一派认为，这些防御机制只能够延缓、但无法阻止Y染色体的消失。2016年，澳大利亚拉筹伯大学的Jenny Graves在论文中指出，日本的棘鼠和鼹形田鼠已经完全丢失Y染色体了。她认为，Y染色体的丢失将引发生育问题，最终推动新物种的形成。
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