在２００５年博士学位授权学科点定期评估中，有关单位的２２个博士学位授权学科点的评估结果为“存在一定问题，需经整改才能合格”。经过为期２年的整改，国务院学位委员会办公室组织专家对这些学科进行了重新评估，并在教育部网站公示。
４个“不合格”的博士点分别是：北京协和医学院－清华大学医学部的中西医结合临床，南京理工大学的管理科学与工程，中国建筑科学研究院的工程力学，中国航空研究院的计算数学。它们已被撤销博士学位授予权。
经过整改后可继续行使博士学位授予权的是：
北京大学的中西医结合临床，
北京邮电大学的管理科学与工程，
北京协和医学院－清华大学医学部的生物医学工程，
南开大学的微电子学与固体电子学，
河北医科大学的神经病学，
中国医科大学的劳动卫生与环境卫生学，
辽宁中医药大学的生药学，
同济大学的热能工程，
华东理工大学的应用数学，
浙江大学的中国近现代史，
华中科技大学的管理科学与工程，
中山大学的气象学，
中山大学的生物医学工程，
中国科学院研究生院的信息与通信工程，
财政部财政科学研究所的会计学，
中国农业科学院的生物物理学，
中国农业机械化科学研究院的机械设计及理论，
北京结核病胸部肿瘤研究所的内科学。
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