台湾大学（简称台大）校长遴选委员会自2018年1月5日选出前国发会主委管中闵为准新任台大校长后，至今已近百日，而台大校长悬缺已逾9个月。国民党立法院党团不满台湾教育部持续“卡管”，要求教育部应该尽速依法行政，核准管中闵就任台大校长。
根据台湾教育部3日发出的新闻稿《维护大学自治 坚守法治原则》，教育部称将组跨部会咨询专案小组，以检视管中闵赴中国大陆兼职等台大遴选案相关疑义。自管中闵当选新任台大校长后，就卷入了论文抄袭、未揭露任台哥大独董等争议，再加上近期陆续被举报曾在厦门大学、西安交大、华中科技大学、中国地质大学兼职，涉违反大学专职教授不可在大陆兼差的规定，而使管中闵能否接任台大校长一职，陷入胶着状态。
管中闵被宣布“当选”台大校长已近百日，但因学术伦理、到大陆兼职问题，至今无法就任
教育部表示，虽然台大校长遴委会陆续补正相关资料及程序，但仍有部分疑义未获实质厘清，因此教育部作为核聘“国立”大学校长之主管机关，会依权责应就相关资格等疑义予以厘清。教育部指出，根据外界所公开揭露之资料显示，厦门大学等将管教授列为兼任教授、博士班导师，以及该校硕士招生简章中称之“实质性兼职教授”等教职，而在同一时期管教授也担任多项公职，包括中研院经济所兼任所长、行政院政务委员（同时期兼任经建会主委、国发会主委）等职。
为厘清管中闵担任公职期间及卸任政务官之后的相关赴陆管制规定，因此需要邀请相关部会、法律与教育专业人士，筹组跨部会咨询专案小组，并预计能于4月中旬左右，提出咨询意见供教育部后续决策参考。同时教育部也强调，“目前已就遴选期间发生之相关争议，组成修法之专案工作小组研修遴选办法等相关法规，以期能在未来落实并维护大学自治的精神及遴委会独立公正的职能。”对于教育部的说法，国民党立法院党团于4日也发出新闻稿，批评教育部所成立的跨部会专案咨询小组只是为了卡管。国民党团书记长李彦秀批评，民进党政府的行政效率只用在追杀清算上，她认为教育部的无限上纲，已将教育专业与国家的高教发展视若无物，而民进党政府则将台大视为囊中之物。
李彦秀进一步指出，台湾不应该在校园自主的路上走回头路，尤其民进党政府不断强调，学术自主是台湾在面对中国大陆挖角高阶学术人的优势，然而却发生因为意识形态不同，阻扰合法遴选的校长上任的荒谬事件，绝对是最大的讽刺。
立法院中国国民党党团认为，教育部不应该自甘成为政治力打手，自失教育专业立场。台大空缺校长多时，对于校务运作已经造成实质影响；教育部为了逢迎拍马，却是打了校园自主一巴掌，已经成为台湾大学自治史的污点。应该尽速依法行政，核准管中闵校长上任。
日前4月1日时，管中闵也再度发表声明，表示“本人为学术自由与大学自治，定当坚持到底。”，同时也批评教育部推诿懈怠，违法而不作为，不依法核示新校长聘任案，致使台湾大学校务决策与年度财务窒碍难行，称教育部及相关人员自应承担法律责任。
由于国民党籍背景的管中闵曾任马英九政府时期的高官，因此任台大校长一事成了台湾蓝绿斗争的新战场。目前国民党内也有呼声呼吁管中闵干脆参选台北市长，以对抗民进党。因此未来管中闵任台大校长案会如何落幕，已不再是单纯的法律问题，而将是赤裸裸的蓝绿政治斗争。
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