教育部“拔管”理由引发适法性争议，阳明大学校长案也再被外界拿出来检视，教育部遭指两套作法。
教育部指台大校长当选人管中闵遴选时未主动披露兼任台湾大哥大独董、审计委员及薪酬委员，尤其薪酬委员有权决定董事薪酬，因此认定和校长遴选委员、台湾大副董蔡明兴有“经济法律上重大利益未回避”，驳回人事案。
但依证交所公开资讯，阳明大学校长郭旭崧去年参选校长时，也担任心悦生技独董、审计及薪酬委员，更是薪酬委员会召集人，直到当选校长后才辞去三兼职，心悦生技董事张鸿仁甚至还是阳明校长遴选委员会的召集人，教育部遭外界质疑双重标准、自打嘴巴。
教育部次长林腾蛟解释，阳明校长是上任后才被检举独董问题，目前监察院已在调查，教育部会用同一标准检视。教育部强调因阳明校长已完成聘任手续，目前仍可合法行使校长权利，但教育部该厘清及调查的部分，会持续处理。
台大则强调，大学法及该校校长遴选办法，根本没有独董回避条款，指教育部拔管违法。
被指和郭旭崧有利益回避问题的张鸿仁昨也力挺台大，他说，阳明校长遴选办法中的回避条款，没有“独董、董事”回避规定，不仅郭旭崧当选阳明校长一切合法、合乎规定，也说“不清楚教育部是以哪个理由退回台大校长遴选结果。”
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