中国业内专家指出，中国超级计算机的研制水平和性能已经居于全球领先水平，但应用方面还很落后，“软件跟不上发展”。
2016至2017年，在每半年发布一次的“全球超级计算机500强”榜单上，中国“神威·太湖之光”获得四连冠（图源：VCG）。
北京时间7月2日，中国科学院计算所的专家张云泉在中国官媒《环球时报》刊文介绍，在超算应用水平方面，虽然基于“神威·太湖之光”的超算应用“千万核可扩展大气动力学全隐式模拟器”和“非线性地震模拟”蝉联“戈登贝尔奖”，实际上中国超算应用发展还远远滞后于超算研制能力的发展。
文章指出，中国超算应用软件的可扩展性偏低。中国科技部曾部署过几十万核乃至百万核并行算法与软件研制的重点突破，但目前日常运行的大部分超算作业，其并行规模仍停留在几千或几万个处理器甚至更低的量级，没有充分发挥出亿亿次超级计算机上并行的能力。
文章称，中国应用软件仍处于初级阶段，应用领域与软件研发存在脱轨现象。
此外，受制于国外垄断，中国国产商业应用软件发展滞后，市场占有率几乎是空白。在超算应用比较多的制造业和基础科研等关键领域，大部分商业应用软件都被国外垄断。
中国不仅支出巨额软件采购费用，软件升级还受制于外方。中国超级计算机特别是国产超级计算机上运行的大规模并行软件几乎都是科研用软件，不具备大规模商业推广的能力。
2018年6月发布的最新一期TOP500榜单中，美国新一代超算“顶点”夺冠，打破中国超算对榜首长达5年的垄断，中美两国进入交替领跑世界超算的局面（图源：VCG）。
文章还指出，近年来，中国超级计算机获得的成就瞩目，但研制和运营模式不尽合理，“为了取得TOP500世界冠军而忽视实际需求，研制远远超过实际需求的机器”的做法越来越值得反思。
文章认为，中国超算应用发展滞后，主要原因在“建设思路”上。欧美日等国家一般根据各领域实际应用需求，针对性地研制能满足实际应用需求的超算系统，能够避免对机器的浪费。而从实践来看，中国的超算发展偏重于先发展超算计算能力，往往会导致超算系统的初期应用效率偏低的情况出现，需要一定时间的过渡期才能将机器用起来。
据悉，在中国超算领域，“重硬轻软”的思想导致经费投入比例严重失调。美国能源部建议的对超算软硬件的投入比例约为1：1。
据中国业内有关专家介绍，中国超算系统的软件经费投入，在项目申报时已经能占20%至30%，比过去的不到10%已经有了明显的改善，但是离1：1的比例还有很大差距。
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