1999年7月9日，台湾时任总统李登辉接受《德国之声》（Deutsche Welle）的采访，将两岸关系定位为“特殊的国与国的关系”，世称“两国论”，正式以官方立场为台独论述做出法理上的宣示。
2002年，时任总统陈水扁则提出“一边一国”的主张，更将两岸的政治联系彻底脱钩。
2016年蔡英文上任后，屡次声言两岸将维持现状、遵守《中华民国宪法》与《两岸人民关系条例》等等，并未于台独论述上作进一步的推演。然而，考察蔡英文于内政外交上的种种作为，其往“实质台独”的道路不停迈进，远超李登辉与陈水扁，这令两岸情势不停恶化，最终将为台湾带来更险峻的“武统”风险。
李登辉于1999年提出两岸为“特殊的国与国的关系”，是为“两国论”（图源：中央社）
特殊国与国关系民主统一的模糊性李登辉于1999年回答《德国之声》的提问时，声称在经历多次修宪后，“中华民国”的宪法效力已限缩在台湾，总统、立法院和国民大会等职位与机关皆自台湾人民中选出，因此“国家权力统治的正当性也只来自台湾人民的授权，与中国大陆人民完全无关。一九九一年修宪以来，已将两岸关系定位在国家与国家，至少是特殊的国与国的关系。而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的‘一个中国’的内部关系”。
同时李登辉又宣称“‘中华民国’可说是华人社会中首先实现民主化的国家，我们正努力在中国迈向现代化的过程中，扮演更积极的角色。因此，我们也希望中共当局能早日进行民主改革，为民主统一创造更有利条件”。李登辉的发言，乃不再与中共争夺谁是“中国”的唯一合法代表，直接将“中华民国”视为一个于法理上和中国大陆没有干系的国家，将其曾代表两岸法统的地位给剥除。但李登辉却又在“民主”的外衣下保留了“统一”的模糊性，因此于实质上仍未彻底对两岸统一的可能性宣判死刑。不过这对台独论述来说，已经铺垫好了切断两岸政治联系的基础。
陈水扁于2002年提出“一边一国”论（图源：中央社）
两岸一边一国法理与文化台独暴冲陈水扁于2000年上台后，起初于就职典礼上宣示不宣布独立、不更改国号、不推动两国论入宪、不推动改变现状的统独公投，以及没有废除《国家统一纲领》和国家统一委员会的“四不一没有”。但2002年8月，陈水扁却提出“台湾是我们的国家，我们的国家不能被欺负、被矮化、被边缘化及地方化。台湾不是别人的一部分，不是别人的地方政府、别人的一省，台湾也不能成为第二个香港、澳门，因为台湾是一个主权的国家。简言之，台湾跟对岸中国一边一国，要分清楚”，亦即“一边一国”论，正式宣告否认两岸之间的任何政治牵连。
2005年，陈水扁更进一步抛出四阶段论“‘中华民国’在大陆，‘中华民国’到台湾，‘中华民国’在台湾，‘中华民国’是台湾”，直接将中华民国等同于台湾，强调与大陆之间分立分治互不隶属。陈水扁的言论在实质内涵上，已与“台独”毫无二致，差别仅在于仍藉“中华民国”作为掩饰的外壳，但这个“中华民国”在法理上已被刨除原先拥有的大陆意涵，被视为只代表台湾地区的“国名”。
2008年并推出以台湾之名加入联合国的公投案，则是法理台独的另一招演绎。
陈水扁除了深耕法理台独外，亦在各领域推动“去中国化”，意图切断与中国的文化脐带。譬如于护照与总统府网站上加注“台湾”，将“中华邮政”更名为“台湾邮政”、“中国石油股份有限公司”改为“台湾中油股份有限公司”、“中国造船股份有限公司”改为“台湾国际造船国际股份有限公司”，“中华文化复兴运动总会”改称“国家文化总会”等等。
2004年，宣布于公文中将大陆称呼为“中国”，而非“大陆”或“对岸”。
2006年推出新的历史课纲，将台湾史独立成册，脱离中国史的范畴，并调整用词，如将“日据”改为“日治”，“我国”改为“中国”，“光复”改称“战后”，“抗日战争时期”也改为“二战时期”等等。这些法理与文化并进的举措，无异深化台湾民间的我群意识，与大陆之间的文化情感日渐疏离，替台独在政治和文化阵地夺下制高点，影响在此语境下成长的台湾人。
表面宣示维持现状暗地推动实质台独到了2016年，蔡英文开始执政，其屡次声明将遵守《中华民国宪法》与《两岸人民关系条例》、两岸关系维持现状等等。尽管蔡英文回避承认九二共识，甚至于2017年5月抛出两岸应有“新情势、新问卷、新模式”的互动思维，但她并未于台独论述上做更进一步的法理冒进。只有在今（2018）
年5月与布基纳法索（台称布吉纳法索）断交后，才公开指称中国大陆为“中国”，变相宣示“一边一国”。反倒是行政院长赖清德，自2017年9月后时常表态自身为“台独工作者”，蔡英文虽未跟进其言论，却也替其缓颊。比起法理台独的建构，蔡英文更汲汲于推进文化上的实质台独，也就是加大“去中国化”的脚步。
蔡英文2016年上任后，极力推动“去中国化”的“实质台独”。
首先，蔡英文废止马英九执政时期的课纲微调政策，于历史科稀释中国史的地位，将其置入“东亚史”的脉络，加深台湾与中国史之间的断裂性。接掌中华文化总会会长之位后，蔡英文未强调“中华”，反而宣示要“建构与发扬在地文化”；2017年核定通过的《前瞻基础建设计划》内，也有推动故宫与国史馆建立“国家文化记忆库”的项目，宣称要“转译成具有台湾文化DNA 特质”；2017年3月蔡英文还取消遥祭黄帝陵的传统。
2017年10月，内政部更传出、询问让一般民众于身分证姓名仅书写罗马拼音之可行性的公文。
为了“去中国化”，蔡英文还屡次向日本或南太平洋立场靠拢。比如2016年日本琉球树立纪念台籍日军的“台湾之塔”，其上题字“当年日台战士皆为战友、生死与共、荣辱同担”，站在侵略者的立场看待昔年日本的侵略，蔡英文为其落款。
2017年7月行政院客家委员会建构的客语认证数据库，遭人发现竟混入日语当作常用客家话，引起轩然大波；2017年10月蔡英文出访南太平洋的邦交国，宣示因台湾原住民与南太平洋岛国俱属南岛语族，故定调行程为“寻亲之旅”。这些举动都意在以“多元包容”为名义与“中国”切割，将中国文化视为多元文化中的“一元”而已。
2016年蔡英文在接受日本媒体采访时，肯定了对方称呼台湾年轻世代为“天然独”的说法，事实上，若没有先前法理与文化台独的积累影响，岂会有“天然独”的出现？比起政治上的宣告，文化上的渗透更能潜移默化群众的认同，因此“天然独”皆是被文化台独给熏染出来的“人工独”。蔡英文尽管和李登辉与陈水扁一样，依然扛着“中华民国”这块招牌，但其未于政治名词上探索台独的空间，反而更加深文化方面的切割，大大推进“实质台独”，这给两岸带来的伤害更远迈李扁二人，更使不少台湾人尽管未支持台独、但对中国大陆的文化连结却日趋陌生淡薄。
因此“实质台独”的危害，可粗略概述为统一前后两方面，一是阻碍两岸的情感交流，加剧台湾民众对大陆的敌意，进而鼓动“反中”民粹，为台独或“远中”政策背书，升高武统的风险。另一则是一旦统一之后，台湾民众心理认同与现实的落差将导致其难以适应，或将导致骚乱的风险，也为两岸民众相处时升高龃龉的机率，不利双方社会的融合。
法理台独的危害，中国大陆有足够的能力打击和消除，然而实质台独的后遗症，却难以透过政治、经济与文化手段于短期内逆转。因此一旦两岸有朝统一，大陆对台该如何有效融合这批“人工独”世代，将是中国大陆的统治难题，简言之，就大陆对台而言，善治相较善统的挑战更大，这恐怕得耗费数代人的时间方能去除泰半。
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