台湾陆委会在当地时间9月13日例行记者会上，向中国大陆推出居住证一事表达强烈不满。陆委会发言人邱垂正称，“中共企图以‘居住证’提供的所谓‘便民’口号，利诱拢络台湾在陆民众进行申领，同时刻意规避台湾两岸单一户籍法制，实际上是展开对台湾民众实质管控、操作所谓‘两岸同属一中’的统一进行式，完全没有尊重台湾民意”，批评“改变两岸现状的政治企图明显”，并质疑大陆国台办对居住证所衍生的税务或其他负担义务“风险”未解释清楚。
台陆委会发言人邱垂正声称居住证破坏台湾的法律秩序。
邱垂正声称，国台办对居住证的说明是“混淆不清、避重就轻”，“将使两岸关系界线模糊化”，因此“将积极研议更加严密的安全管理机制”、“降低与防范中共对台操作的可能风险”。此外，邱垂正宣称居住证和大陆身分证采取相同的18码编码方式，且格式设计、图徽、揭露信息也几乎一致，“搭配对申领者提供趋近于已设籍之待遇”，陆委会认为“赋予政治权利和义务只凭北京当局一念之间，故居住证之发放实质上系有意冲撞台湾两岸条例有关‘取得大陆地区户籍’之文义解释，企图挑战台湾对于两岸人员身分区别的法律底线，台湾无法容忍其刻意混淆，破坏台湾法律秩序”。邱垂正强调陆委会将“在政策面跟法制面进一步做好安全防线”，声明“会持续提供因应措施，包括修法，在近日内就会向大家进一步说明”。
邱垂正还表示，居住证对台湾“可能造成的集体风险跟可能的国安危害，有必要做好管控，以维护整体国家安全跟民众福祉”，但又表示研拟的方案中没有向申领的台湾民众“立即除籍”的项目，并说明“台湾是一个民主宪政的国家，任何变更民众的权利和义务，政府都一定要有完备的法律修法作业跟程序”。同时，邱垂正也呼吁在大陆的台湾民众“现阶段可以停看听，不要进一步申领”，以及“不要配合大陆的统战宣传，导致伤害台湾的主权跟集体利益”，并宣称会顾及在大陆的台湾民众，“政府很多政策，也是要考虑他们心声”。
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