1946年12月25日，在中国共产党与中国民主同盟的缺席、以及国共内战日趋激烈的硝烟下，《中华民国宪法》正式三读通过，并于翌年据此实施正副总统、国民大会、立法院、监察院等选举，是日遂于1963年被台湾订为“行宪纪念日”，直到2000年后才被民进党政府改为只纪念不放假的节日。尽管这部宪法在制定与实施之初，就因制宪国民大会代表资格、民共等党派的抵制和拒绝承认、内战的扩大，导致没有充分的民意代表性；再加上中共解放区内的人民往往未能参加选举，以及1948年行宪后旋即又遭《动员戡乱时期临时条款》冻结部分宪法条文，使得该宪法缺乏完全落实的机会。最后随着国民党政府在1949年后败退至台湾，《中华民国宪法》施行的区域也就仅限于台澎金马等岛。
1948年行宪后第一届国民大会第一次会议于南京国民大会堂（今南京人民大会堂）召开，选举中华民国正副总统（图源：维基百科公有领域）
不过，当两岸力量的对比越来越悬殊之后，“中华民国”代表中国的法统地位在国际上不断遭取代，在台湾内部也面临台独势力的质疑，再加上国民党的威权体制饱受抨击，因此这股内外交汇的压力逼使国民党政府于1991年开始第一次修宪。在该次修宪中，国民大会代表列入宪法增修条文，开宗明义的写道：“为因应国家统一前之需要…增修本宪法”，另外也将两岸区隔为“自由地区”与“大陆地区”，借此提供区别对待双方人民的法源。这些修改象征明确承认两岸的分裂现状，再加上时任总统李登辉废除《动员戡乱时期临时条款》后，等同自居正统的“中华民国”政府认定内战已经结束，将中华人民共和国视为统治大陆的平等政治实体。然而学界认为，国民党政府的修改其实隐有将台湾与大陆分为两个不同国家的思维，不过就法理性质而言，《中华民国宪法》的精神仍旧是追求中国统一。
真正动摇“中华民国”主权、为独台甚至台独铺路的修改，是关于总统直选、中央民意机关改选、与省级地位的条文。
在最初的宪法中，规定总统由国民大会选举，但在1994年第三次修宪后，遭李登辉主导改为“自由地区”人民直选，解决“中国总统”缺乏大陆地区民意的窘境。早在1991年第二次修宪时，国民党内的李焕、邱创焕、蒋纬国等大老便因担忧总统过于强势、以及仅由台湾等地人民投票将会造成“台湾总统”的台独错觉，故强烈呼吁委任直选，反对李登辉和民进党主张的“全民”直选，但终究功败垂成。国民大会代表和立法委员亦是如此，尤其是“全国不分区代表”仅在台澎金马等地选出，形同是将“全国”限缩于这些区域，削弱与大陆之间的法理联系。
因此，在1991年国民大会全面改选与1996年“中华民国”第一次总统直选后，便有黄昭元、许宗力等学者主张“中华民国”不再代表大陆人民。民进党或部分台独势力也据此认定，台湾自此以后有了自行选举的政府，与大陆不再有政治牵连。李登辉自身也借此声称，两岸彼此互不隶属，大倡“中华民国在台湾”或台湾已是个“主权独立的国家”，甚至在1999年抛出两岸是“特殊国与国关系”的两国论，正是由于前述的修宪导致“两个中国”、“一中一台”等概念遭包裹进去，使李登辉有机会往“独台”甚至“台独”的道路上冒险前进。
至于省级地位的变迁，也象征“中华民国台湾化”的加深。
由于“中华民国”治下领土仅剩下台湾与福建省的金门与连江县，福建省政府无法发挥应有的功能，台湾省政府辖区也和“总统府”所能号令的实际土地几乎重迭，使台湾省长和直选产生的“中华民国总统”在民意基础上相差无几，这令李登辉担忧出现“地方对抗中央”的“叶利钦效应”，台湾省长宋楚瑜可能危及其属意的接班人连战，遂以“组织扁平化”为由声称欲改进行政效率，在1997年第四次修宪时冻结省级机关。但此举也形同让“中华民国”曾领有大陆各省的法统和记忆被阉割，使“中华民国”越来越趋于“台湾”的同义词。台独势力更是处心积虑，欲彻底“修宪废省”达到切断台湾与“中国”关系的目的。如赖清德于2018年6月决定自翌年起将台湾省政府、台湾省咨议会、福建省政府的预算归零，使省级机关名存实亡，再度打击宪法内的“中国”意涵。
尽管《中华民国宪法》多次因统独力量的争斗而修改，其蕴含的两岸法理历史也频频遭架空，但仍代表留待统一的“一个中国”精神，故台独势力多年来主张“正名制宪”，甚至声称“中华民国”是“外来殖民政权”，以替台独提供合理借口。但在中国大陆强力遏制台独、与美国不希望台湾片面改变现状的压力下，这部宪法仍被台湾蓝绿双方保留下来。只是台独势力仍不希望宪法内的“一中”被大陆解读为“两岸同属一中”，故谢长廷等人曾试图提出“宪法一中”、“宪法各表”的说法取代“九二共识”，但这不仅有合理化“中华民国在台湾”的“独台”嫌疑，也让台独势力不满其未真正抛弃“一中”，因此得不到统独双方共识。
而中国大陆始终对台湾的任何宪法争论保持警惕，以免台湾借由修宪达到实质台独的企图，因此尽管一方面不承认“中华民国”，一方面也不愿台湾抛弃这部《中华民国宪法》。
2016年3月，大陆外交部长王毅在美国，向即将上任的蔡英文呼吁“接受他们自己的宪法所规定的大陆和台湾同属一个中国”，便是柔中带硬的警告勿偏离“一个中国”此原则。
然而多年来台湾在“去中国化”的影响下，台湾人民的政治认同大都已经改变，无论是“台独”或“独台”也好，几乎都认为“台湾”或“中华民国”是个和大陆不相隶属的独立国家。而按照《中华民国宪法》选出来的“中国总统”蔡英文，原本信誓旦旦宣称会按照宪法处理两岸关系，却更是多次径称大陆为“中国”，甚至在2018年10月的双十演说中指责“中国”威胁、并自居为“中华民国台湾”，陷入“中国总统”否定“中国”的自相矛盾定位。因此，在台独势力与民意的双重摧残下，《中华民国宪法》的“统一”精神已几乎遭淘空，“中华民国”由此质变成“独台”的避风港，更成了“台独”在不敢直接“正名制宪”时、最方便借壳上市的人头企业，实质上为两岸分裂的结束更添阻碍。
这些演变，恐怕是1946年时那群在南京商讨宪法的制宪国民大会代表所始料未及的。
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