柯文哲于2019年4月3日在前接受接受台湾网路节目《94要客诉》的专访时，抛出“台湾反核食是弱智国家”的言论，引来部分争议，柯先是在4月4日硬气坚持自己说法，还强调“不服来辩”，至4月5日再度坚持，台湾若要用跟美国、欧盟不一样的食安标准，必须要有很强的理由，不然怎么与世界接轨。至于是否参加2020年台湾总统选举，柯表示，这以后再说，现在不要去干扰民进党初选。
台北市长柯文哲（图源：中央社）
鉴于反核食乃是2018年台湾九合一大选中的公投案，外界质疑柯文哲在公投案投票通过后4个多月才以马后炮的方式痛批，行为有失公允，面对相关质疑柯文哲表示在公投前因为忙于选战，自己是在进入投票所后才看有哪些公投题目，“后来我想了一想，那些公投题目都有问题”，例如同志权利议题，他认为这是基本人权，拿出来投票很奇怪。针对核电议题，柯认为假使民众不清楚资讯，投票就没有意义，更称“台湾能源政策、产业政策是一整套，哪里是这样投票”，直批“弱智差不多”。
柯文哲说，民主政治重点在于事前讨论，而非投票，如果连他在投票时才看到题目长什么样子，代表事前宣导不是很多，柯文哲指出大家应思考如何建立一种制度，就是政策不会因任期而易，这种公民参与制度的建立，才是人们要思考的。
另外，由于柯文哲早前曾批评台湾当前政策容易因为首长频繁的更换而转弯，4月5日其在媒体询问，柯若出面挑战蔡英文总统恐也会造成首长任期不连续，甚至引发政策转弯的后遗症，柯文哲则说，这是另外一回事，以后再讲，现在不要乱讲，不要去干扰民进党内总统初选。
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