世界银行副行长兼首席经济学家林毅夫叛逃中国大陆，儘管已逾三十年，但碍于军法单位对法律追诉充满争议，导致返台路仍遥，严重影响司法权益；如今，监察院以「消极办案、未顾人权」为由纠正国防部，并要求两个月内釐清相关法律追诉问题。
监察院早在2002年便对国防部提出纠正，如今「一个案两纠正」，显示八年来监察院对国防部的纠正效力微乎其微，似乎无具体进展。被国军视为「叛逃军官」的林毅夫，在一九七九年五月携带军事机密，从金门马山驻地，穿著救生衣游到解放军驻守的厦门，叛逃迄今已超过三十年。
监委叶耀鹏指出，儘管叛逃行为触及《陆海空军刑法》第二十四条「投敌者，处死刑、无期徒刑或十年以上有期徒刑。」但林毅夫逃往中国已三十年，依据刑法「追诉权」规定，若在卅年内未起诉，追诉权就自动消灭。换言之，军事检察官从今年五月十六日后，已无权查办林毅夫。
叶耀鹏说，依据同法规定，卅年追诉时效的计算是从「犯罪成立日」开始，若犯罪行为呈「继续状态」，则从「行为终止日」起算。「但问题就出在这。」叶耀鹏说，到底林毅夫的投敌行为，该从「下水那一刻」开始算，还是到目前为止仍「持续中」，针对这项争议国防部始终未能釐清。
叛逃是否持续中争议未解
关于这点争议，主要是因军方在八十二年即发现林正谊叛逃至大陆改名为林毅夫，但却未撤销其意外死亡宣告，并进行法律追诉程序，始终採取淡化处理，也才导致追诉时效是否完成等争议。
「司法人权不该只是喊喊而已。」叶耀鹏强调，林毅夫能否回台，确实掺杂「政治因素」，这部分监院无权置喙。但叛逃事件发生三十年，军检署也在民国九十一年对林毅夫发布通缉，但似乎只做了表面动作，「查不查又是另外一回事」，态度消极，让返台问题始终充满变数，严重影响司法权益，因此已依法对国防部提出纠正。
叶耀鹏强调，不只林毅夫，其馀叛逃人员都会面临相同问题；因此，监院也明确要求国防部在两个月内，针对相关争议提出明确解释。对于林毅夫叛逃案，监院昨天以国防部处理消极而「第二度」纠正，国防部昨天对此表示尊重。但另有军方高层指出，国防部对林毅夫案已召开过多次的部内、外会议，并没有「消极处理」，是否撤销林毅夫的通缉，是军高检的权责，国防部也只能依法论法，无法影响军高检的独立性。
由于国防部不愿撤销对林毅夫的通缉，马英九总统五月接受媒体访问时曾表示，他上任后也不断有人为林毅夫回台请命，但他很能体会国防部的困窘，因为如果从政治面考虑，也许有人很高兴，但一定有很多人觉得不公平。
军方官员表示，去年马总统上任以来，国防部已针对林毅夫案召开多次专案会议，其中也包括由民间法律专家学者提供意见。不过最后确定取消林毅夫通缉的权责，应回到独立的军高检决定。军高检至今认为林毅夫叛逃是所谓的「连续犯」，国防部也只能尊重，无从干预。
军方高层说，林毅夫因投敌罪遭通缉，还牵涉其他案例是否一体适用的问题。站在法律的立场，国防部反对撤销，同时因为林毅夫尚未脱离敌对组织，仍是通缉犯，若他来到台湾，国防部会依军法办理。
七年前林毅夫想申请来台奔丧时，被国防部正式认定涉嫌叛乱罪刑。不过对于是否已超过二十年刑法追诉期，当时则出现有关林毅夫是敌前逃亡的「连续犯」或「即成犯」的争议。但因此案并无前例，军方单位当时相当头痛，后来国防部虽被监院纠正，但最后对林毅夫罪刑的追究依旧没有定论。
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