为了让在新型冠状病毒肺炎重灾区中国湖北省武汉市滞留的日本人回国，日本政府包租的全日空包机（波音767），于1月29日早晨搭载首批希望回国的206名日本人抵达羽田机场，其中有3人检出感染新型冠状病毒，感染率高达1.5%，而乘坐政府包机从武汉回国的第二批日本人共210人，30日午前到达羽田机场，经过随机前往的日本医师检查，其中13人健康状况不佳,有发烧和咳嗽的症状,他们被在机场待机的救护车运往医院接受诊疗,其他人前往国立国际医疗研究中心接受检查。
图为武汉肺炎病毒显微图 网络照片
第一批归国的206人回国后，所有的人都被要求到国立国际医疗研究中心进行检查，其中两人拒绝接受检查回家，而其它人的检查结果显示：有3人感染新型冠状病毒，一人有发烧等症状，是新型冠状病毒肺炎患者；两例是无症状病原体携带者。
在206人中，有12人出现各种症状入院，2人拒绝接受检查的人回家。192人到千叶县的一家酒店，接受观察。
厚生劳动省28日公布了第六例感染了新型冠状病毒肺炎的病例，他是60多岁的巴士男性司机，他在1月8～11日和12～16日2次运载从武汉随团来日旅游客人。29日，厚生省还公布了在此司机驾驶的观光巴士中担任导游的女性也感染新型冠状病毒肺炎的报告，目前在日本的感染者已达11人。
日本政府30日通过内阁会议，决定设置以首相安倍晋三为本部长的新型冠状病毒肺炎对策本部，并在官邸召开首次会议。
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