我抽空利用GISAID的数据库和美国官方发言做了个比对，锁定“零号”病人。顺带证明一下我一个月之前所说加州要沦陷的预言。再顺便评两句华农新文章的准确度。
Figure1：我把GISAID 108个病毒基因组按照divergence cluster，得到两个分型很独特的clade，发散状的clade对应华农的C group，树状分支的clade对应B group。每一支是一个样品，包括107个病人样品和1个海鲜市场的环境样品。支的长度代表分化程度。注意！这图只是按分化程度作图，并不等于中心点是“零号病人”。但说中心点是Cgroup的零号病人是没问题的。我用US filter了一下，每一个点表示一个美国确诊病例（芝加哥二号跟老婆完全重合，在此省略），所在州、样品采集时间和性别都注明了。
加州8例信息量太大，我单独做了个Figure2。
【更正】加州的零号病人CA6是44岁男性，位置是湾区。San Benito夫妇是CA3&4，CA5是Santa Clara54岁女性。
因为加州是国内来美的第一站，加州病例的分布基本上可以反映武汉病例的比例。武汉有两个亚型，高度传染性的C株和潜伏期长传染性弱的B株。从海鲜市场爆发扩散的是C株，但在海鲜市场外传播并被带回美国的是B株。按照GISAID算法做的phylogenetic tree看，华农的五个分型的关系图很有问题。从这图上看，是B clade分出了四支，最左边一支对应B组，中间一支对应A组，最右两支不完全对应DE组。
GISAID没有加RaTG13的数据，所以目前看不出真正的零号。华农说H38（对应WA1）与RaTG13最接近。但是从GISAID的分析看，我觉得Figure3里IL1和Wuhan04（华农H3）之间最有可能。这么看，美国出了两个“零号病人”，也是厉害。
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