尽管香港于12月22日零时起禁止英国客运航班抵港，但仍有2名早先从英国返港的学生感染了变异的新冠病毒（SARS-CoV-2），这对防疫表现本就不佳的香港形成了新的挑战。
据香港卫生署市卫生防护中心传染病处主任张竹君12月23日透露称，有2名英国返港学生被确诊为变种新冠病毒感染者。二人分别于12月7日、12月13日返港，2人均于抵港检测时被确诊。这意味着早在香港禁止英国航班抵港之前，变种新冠病毒就已传播到香港。有分析认为类似的变种新冠病毒感染案例可能于9月左右便已在英国出现，也就是说在此前3至4个月间，变种新冠病毒可能早已从英国传播开来。
考虑到这2人是在一次对11个病毒样本的基因排序中查出的，推算下来香港目前已确诊的新冠病毒感染者中可能有20%左右都是变种新冠病毒的感染者。
中国政府对此恐怕还没有足够的心理准备，直至12月22日中国疾控中心副主任冯子健还曾公开表示，“不管是输入人员、货物还是冷链运输产品等，从各种途径获得的病毒样本都没有发现中国已有变种病毒输入的情况”。
香港特区政府面临的情况则更加不容乐观，他们没有大陆这样能够渗透到村镇乃至每一栋居民楼的管理体系，从制度上讲也没有庞大的国有企业雇员群体乃至学生群体可供动员，而大部分在港人员的居住条件又不适合进行长达数周的居家隔离，这些都将使得全民核酸检测或类似的方案难以获得实效。
事实上，从11月20日开始香港的新增新冠病毒感染者数量就一直维持在50以上。截止至发稿日（12月24日）香港累计确诊病例已达8,353例（仅次于最早爆发疫情的湖北省），当日新增确诊则为53例（全国第一）。
外界分析认为，香港目前的防疫计划中最具希望的便是全民疫苗接种计划。12月23日香港特区行政长官林郑月娥宣布，将向阿斯利康制药订购750万剂疫苗，加上香港特区政府此前向科兴控股生物技术公司、复星医药各采购的750万剂疫苗，将能充足确保全部香港居民每人2剂的疫苗需求。
然而，这些疫苗最快的也要等到2021年1月才能到港且只有100万剂，中国科学院院士钟南山也曾表示“其（指变种病毒）是否影响现有疫苗的有效性仍需观察”。这些疫苗是否能按时交付？交付之前香港的疫情会恶化到什么地步？现有疫苗是否能有效防范变种病毒？这些对于香港的疫苗接种计划都将产生难以估量的影响。
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