鉴于台商、台生往返两岸都需分别隔离14天，新党倡议政府在农历过年期间，透过两岸协商建立“防疫泡泡”，以金门为据点，恢复停班的小三通航线，借由“承认对岸疫苗施打”和筛措施检免去隔离，不过台湾中央流行疫情指挥中心初步否定这项建议。
新党主席吴成典2日指出，目前疫情已经稍缓，两岸航空班机已经复飞，没理由再停驶两岸船班。二月适逢农历新年，会有众多台商、台生、台胞返乡过年，机票势必一位难求，呼吁政府体恤，让两岸小三通部分复航，避免人民有家归不得。
台湾中央流行疫情指挥中心发言人庄人祥表示，目前全球防疫仍相当紧张，辽宁、北京也传出疫情，他认为目前两岸还不是很适合“防疫泡泡”；且攸关“两岸小三通”的决定权，已经超过疫情指挥中心的范畴，须由权责机关决定。
台湾中央流行疫情指挥中心发言人庄人祥认为，两岸现况仍不适合开启防疫泡泡。（中央社）
陈时中向《纽约时报》表示，在疫苗证明是持久的抗疫武器前，政府不大可能更动防疫政策。他暗示，台湾不会像其他地方迫于民意压力松绑限制，疫情复燃才再巩固防线。
陈时中认为，施打疫苗后恐会爆发另一波疫情。因为人人都认为“我已接种疫苗，或是我下周要接种疫苗，我等够久了，总算可以自由了吧？”他表示，唯有更多证据证明现有疫苗可产生持久免疫效果，才能真正放松一些。
台湾防堵疫情着重严格隔离检疫，减轻医疗体系负担，且不必付出高昂筛检成本。但随着英国变种病毒在台湾现踪，部分专家呼吁政府扩大筛检、揪出更多无症状病例，特别是在国境。
国立台湾大学公共卫生学院教授詹长权说：“我们许多防疫政策是在全球累积数百万病例时提出，但现在总数达数千万，且朝1亿大关迈进。疫情已到完全不同的阶段。”詹长权认为，台湾除强制检疫外，也应开始全面筛检入境者。为防堵新变种病毒株，台湾已对去年12月13日后入境且有英国旅游史者全面进行检疫期满前采检。
台湾防疫方针是无症状患者隔离14天后传染风险大幅降低。陈时中表示，他相信台湾肯定有无症状患者成为漏网之鱼，“但如果那些病例没有造成问题，我是该大费周章试图把他们找出来，还是将精力投注在已造成问题的病例上？”
台湾为防疫严守国境，专研传染病的新加坡国立大学教授费雪（Dale Fisher）认为新加坡做法较为灵活。新加坡近期解除台湾旅客入境限制，但台湾未对等回应。
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