台湾流行疫情指挥中心当地时间6月30日宣布，台湾新增55例本土确诊案例，五例死亡案例。截至6月30日，台湾累计本土确诊案例数达1万3,579例，累计648例死亡病例，640例为本土案例。
台湾疫情-本土确诊新增数（简体）
41万剂莫德纳疫苗将自卢森堡抵台
台湾中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中于当日的记者会表示，台湾洽购的505万剂莫德纳疫苗中，有41万剂将从卢森堡发货，于今日下午4点40分左右由华航班机运抵台湾桃园源国际机场。陈时中说明此批疫苗为采购疫苗，与美国捐赠的疫苗在包装上略有不同，而保存温度方面，摄氏零下20度可保存六6个月（至2022年1月6日），以摄氏2到8度保存则可存约30日。
台湾采购的莫德纳疫苗预计今日下午17时左右送抵台湾。（吴逸骅／）
高雄凤山一大楼传确诊案例 市府强制8小时内清零
高雄市在6月24日出现一名女性确诊者足迹，并且在6月29日在其足迹范围内的凤山区某大楼出现筛检阳性者，高雄市长陈其迈于当日下令，强制该大楼的60户共142名住户接受PCR筛检，并且送至防疫旅馆，八8个小时内完成大楼清零的目标。
https://imgogo.angelyun.com/2021/5_30/oid721733_2.jpeg高雄市凤山区某大楼出现筛检阳性案例，高雄市长陈其迈火速强制该大楼住户进行筛检，并送至防疫旅馆。（高雄市政府提供）
但由于此举过于突然，且住户须自费入住防疫旅馆，作风被评为过于强硬，台媒担心此举会成为日后的行动方针，陈时中于今日表示，该案因感染案例住于不同层楼，并且共用该楼的一部电梯，因此认为陈其迈此举并无不妥，为防疫必要之措施。
7月12日“微解封”有新进度
此外，台湾中央流行疫情指挥中心也于记者会中今日公布“批发市场防疫管理措施建议指引”，陈时中表示接下来还会陆续有市集、餐饮、夜市战备准备和平时管理指引，并督导相关单位，若能确实执行，让指挥中心对其产生信心，就会列为开放对象。https://imgogo.angelyun.com/2021/5_30/oid721733_3.jpeg台北市率先推动“微解封”，位于大同区的宁夏夜市出现报复性消费人潮。（PTT）
由于台湾近期日每日确诊案例皆在百人以下，台北市率先授权除南万华夜市以外的夜市，得开放四分之一的摊位复业，但是仅提供外带。三级警戒仍未解除，指挥中心表示，当前本来就无要求餐厅关闭，仅是禁止内用而已，而解封相关指引也正在准备中，待订定完毕后公布。
根据指挥中心透露的指引，防疫重点包括落实人员健康管理、人流管制措施、落实人员卫生行为、要求个人防护装备穿着、环境清洁消毒等，并须订定逤出现确诊病例时的应变措施，包括若出现确诊病例应通报主管机关，必要时风险区域须暂停营业。
屏东县宣布枫港及善余二村解封
屏东县枋山乡枫港及善余二村，日前传出14例确诊案例，其中有九例为Delta变种株案例，屏东县政府于两区创建社区筛检站给共计3,554人筛检，并在三天内安排居民接种疫苗。在6月29日下午17时，已给该区域村民施打疫苗完毕，屏东县长潘孟安于脸书（Facebook）表示“这一仗，我们守住了”，表示村民牺牲自己的生活，全力配合防疫团队的管制措施，也对官民携手合作感到满意。
而枋寮乡果农染疫部份，屏东县政府于6月29日在当地设立指挥所，以防堵并控制该地疫情。由于该地区为著名芒果产地，受疫情影响该地芒果一度受到冲击，幸而得到企业及各路热心民众接盘采购。潘孟安表示日后将持续采取其他途径，协助降低冲击，也提醒Delta变种株的底细还未摸透，请民众千万不要以为筛检阴性、疫苗接种、环境清消后就松懈，因此他特别透过广播，拜托村民仍需小心，才能驶得百年船。
台专家指出代工莫德纳疫苗仅是吹牛画饼
陈时中于6月29日透露，有与莫德纳洽谈代工疫苗事宜，并由台湾国卫院筹备“疫苗二厂”，台湾前疾管局长苏益仁表示此为天方夜谭，表示台湾从未研发过mRNA疫苗，艮本不具备制造技术，同时台湾的疫苗产能也不足，在2020年4月COVAX“流行病预防创新联盟”（CEPI）派人来台了解生技厂商情形，评估一个月仅有1,000万剂的产量。
苏益仁也指出，台湾的国光、联亚极高端疫苗三大疫苗厂商均积极研制自家的蛋白质次单位疫苗，且皆为台股上市柜公司，除非将公司全部国有化，否则不可能将产线全部改为mRNA流水线。他也指出，除非莫德纳亲自派员驻点，倾囊相授，否则台湾厂商至多仅有作到疫苗充填程度的能力。
台媒指绿营派系卡疫苗 台总统府及行政院皆否认
台媒《周刊王》于6月30日以〈卡民间疫苗〉为题，指出当前台湾政府以各种方式卡民间企业、地方政府、社团法人等捐赠疫苗，是因为民进党内部有派系，与香港商雅各臣制药，结合医疗冷链业者“裕利医药”从中作梗，结合绿营内部的“生技帮”、“新苏系”，阻挠东洋药品公司引进BNT疫苗，并称其是为抽取疫苗进口运送过程中的佣金。也称陈时中为避免得罪任一派系，才坚持按部就班以拖待变。
台湾总统府发言人张淳函出面驳斥，称“陈时中夹在蔡、苏二人间”说法，完全是凭空臆测，国际疫苗采购复杂繁琐，从洽购、运输、仓储、配发乃至施打，都必须依照专业进行，确保疫苗的合法、安全、有效，也表示蔡英文与医疗冷链业者并无私下往来关系，对于企业与民间团体疫苗捐赠计划，指挥中心均依各项提案完整检视，评估方案的性质及可行性，以利后续整体疫苗采购，不存在阻挠或刁难问题。
台湾行政院发言人罗秉成也表示，疫苗攸关国人健康，政府须依法律规定及专业判断，进行疫苗采购事宜，才能确保其合法性、安全性及有效性，行政院长苏贞昌与这些疫苗生技业者或冷链业者本不认识，私下从无往来，毫无利害关系；报道指陈时中“夹在蔡、苏二人间”更是凭空想像，任意猜测。
陈时中则表示，为难之处在于疫苗进货时间不顺利，除了前置作业需要处理之外，并无任何政治人物私底下找他谈此事。陈时中也提到任何想兜售疫苗者，皆需出示原厂授权书或出货证明。
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