在长江三峡建造大坝的设想最早可追溯至中华民国的开创者孙中山，后因国共内战，此事无果而终。
新中国成立后，三峡工程被重提。毛泽东指定由周恩来督办。在周恩来的主持下，开始了三峡工程的勘探、设计、论证工作。当时水利领域内支持工程上马的林一山等人，和反对方黄万里、李锐等人，争论得非常激烈。林一山等人认为要防治洪水得建大坝，但李锐等人则认为三峡工程太复杂，除了技术上的困难、这么大的工程会排挤掉其他计划外，因为淤泥等问题，建大坝也不一定就能一劳永逸。此外尚有移民、水位剧升等问题，因此应该考虑其他替代的可行方法。在这种情况下，考虑国力、技术和国内国际形势等其他因素，毛泽东最终决定暂缓实施三峡工程。
文化大革命后，三峡工程被再次提上议事日程。1983年水利电力部提交了工程可行性研究报告，并着手进行前期准备。1984年国务院批准了这份可行性研究报告，但是在1985年的中国人民政治协商会议上，以周培源、李锐等为首的许多政协委员表示了强烈反对。
于是，从1986年到1988年，国务院又召集张光斗、陆佑楣等412位专业人士，分十四个专题对三峡工程进行全面重新论证，结论认为技术方面可行、经济方面合理，“建比不建好，早建比晚建更为有利”。不过这之后争论非但没有平息，各方反对的声浪更大。
1989年，表明反对建设意见的书《长江，长江， 三峡工程争论》出版，但是同年的六四天安门事件中，民主运动被镇压，本书的作者戴晴也被逮捕，该书被禁。这之后，反对派的意见被彻底压制。
三峡工程的支持者们相信该工程将具有巨大的经济和社会效益，并能拉动整个国家国民经济的发展。而反对者们则认为该工程劳民伤财，是政府领导人好大喜功、打算青史留名的表现。
1992年国务院向全国人民代表大会提交三峡工程建设议案的举动，便被广泛质疑是李鹏等领导人刻意要把三峡工程办成“铁案”。当时有人认为人大代表多非专业人士，由他们来决定工程的命运并不合适。而即使在审议过程中，人大代表们也普遍反映国务院提交议案中的可行与不可行理由严重不对称，甚至还抱怨官方用种种手段干扰和影响人大代表的决策。
1992年4月7日该议案终于进入表决程序，共有2,633名人大代表参与表决，结果是赞成1767票，反对177票，弃权664票，未按表决器的有25人。表决虽然
获得通过，但赞成票只占总票数的三分之二左右（67%），是迄今为止中国全国人大所通过的得票率最低的议案。
在国防安全方面，有人担心一旦中国卷入战争或者遭受恐怖主义袭击时，三峡大坝将成为受袭的目标。不过乐观者认为，轰炸这种关系数亿人民生命的民用目标是严重违反国际法的行为，在现代战争中当不会出现，而三峡大坝极其庞大，一般恐怖组织所使用的手段都难以对大坝造成整体性损毁，即使是炸较薄弱的船闸，由于有五级船闸，而且建于与大坝并不相连的坛子岭，因此也不会引起溃坝。
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