塑化剂污染食品风暴引起台湾内外的关注，总统马英九2日在接见云林同乡总会及各县市云林同乡会重要干部时，除了表示他已经要求卫生署严查、重罚外，政府也将以“主动发掘、明快处置、配合侦办、对外说明”的16字箴言，处理这起食品污染问题。
马英九总统表示，之所以会发现塑化剂污染食品，是因为从2010年3月开始，行政院成立查缉伪劣假药的专案小组，卫生署食品药物管理局一名技正在检查益生菌的保健食品时发现异状，这本来跟假药无关，但这位技正不放心，没想到一路追查，因而发现这起食品污染的大问题。
马英九表示，塑化剂事件越闹越大，涉及15个国家和地区，政府也已经向世界卫生组织通报，他要求行政单位必须16字箴言为原则，处理相关问题。称这件事情也代表一个重要意义，就是我们发现这种问题时，一定采取一个16字箴言：主动发掘、明快处置、配合侦办，最后对外说明，这4个动作一气呵成。
马英九表示，尽管台湾的产品形象受到重创，甚至政府认证的GMP标章也受害，但政府面对这起事件时，绝不要怕家丑外扬，唯有认真务实面对，才能解决问题。马英九还表示，黑心商人全世界都有，大家一定要团结起来，不能让“Made In Taiwan”的产品蒙羞，所以他要求相关部会一定要进行修法、补漏，并积极追查跟严惩，认真处理后续问题。
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