8月11日，在揭发了李承鹏代言房地产公司的“虚伪”后，方舟子将自己赖以成名的打假事业顺路延展到了拥有极高公众知名度的法律学者贺卫方身上。通过转发网友微博的方式，这位生物化学博士、科普专栏作家指控：“既然贺卫方20年不发论文，他是怎么当的北大法学教授？靠时评、演讲，还是像以前发现的那样，靠反复发表旧论文？与其拿纳税人的钱尸位素餐，何不辞职搞法普？”“贺卫方20年来基本不发表学术论文，2005年起拒绝指导研究生，岗位职责4个去了2个，北大法学教授的名头却越来越响，当了公知就是有柿油特权啊。”
8月14日，贺卫方通过博客公布1990－2010年间发表的论文与评论目录，其中仅发表在学术期刊上的论文有数十篇，还援引材料称自己的三篇论文被列入中国法理学界最具影响力论文五十篇内。不过，方舟子有自己的判断标准，“其实那些基本上都不是论文，都是一些随笔、杂感、翻译、评论，甚至是一些演讲稿，跟论文没什么关系的”。
名家对垒，看客无数。如果说前央视主持人王利芬那句“建议方舟子把精力、他不屈不挠的精神集中在一些更有意义的需要追根求源的事情上，比如说中国红十字会的账目和7•23事情的真相”还算委婉，那么更多贺卫方的追随者则怒从心头起，他们不仅列举贺卫方论文数量以证明“方教主”胡说八道，还开始质疑打假斗士此番动机。在方舟子发布《一个北大学生眼中的贺卫方》暗嘲其“聪明着呢”后，一位“早已当贺老师为先生”的出版人更是发出决斗书，斥责方舟子“不择手段、编造谣言、喋喋不休、转移民众对公权力视线、甘做鹰犬”。
说起来，让方舟子成名的也正是其“穷追猛打”的手法，他掘地三尺的索隐本领让贺卫方不禁叹息“某些明争暗斗真是无趣的很”。不过，这位在中国民间意见领袖中拥有极高声望的学者也绝非浪得虚名，多年宣导民主法治的成果帮助他在这个危急时刻赢来了诸多声援。
此时，一场关于教授资质的辩论已经升级为对“学者意义”“教授功能”的争鸣，在自媒体平台上如火如荼的论战也蔓延到正式出版物上。近代史专家袁伟时微博感叹：“有人攻击贺卫方，我非常困惑。贺卫方成了珍稀动物，这是中国有病的表征之一。100篇所谓论文也比不上贺卫方为捍卫法治而写的一篇文章或感人至深的书信。要是每一个省市、自治区都有十个贺卫方，中国的法治进程肯定会快一点。”而吴祚来更是获得了通过8月16日《东方早报》反问“方舟子对贺卫方的批评有道理吗”的机会，不仅认定“对贺卫方教授的指责是不严肃的”“语言太过轻慢”，更追问“方舟子是怎么获得鉴定法学论文资格的”：“学术成果的发表本身就是在公开接受批评，世界上没有哪个教授能秘密发表学术论文的。当方舟子指责贺卫方的时候，贺卫方要不要回应？不需要。如果方舟子觉得贺卫方不符合教授水平并且有学术失范之举，可以向北大的学术委员会投诉，由后者调查与回应。一个法学教授不可能看到网上对自己有指控，就连夜写汇报材料。”而后，这位文化学者更引用包括袁伟时等人在内对贺卫方学术影响的推崇，批评中国高校追求发表论文数量之风，强调“法治启蒙工作意义更大”：“方舟子没有形而上的价值追求，只有形而下的技术认定，急于打击对方，有时不问事实，不做调研。他对贺卫方的批评或指责，没有道理。但通过方舟子的追问，我们应该重新思考，大学教授与专家学者的社会价值，对高校片面追求论文数量的泡沫化效应，应该有所反思。”
次日，《东方早报》更以文化版整版篇幅向美国加州圣玛利学院英文系教授徐贲提供言说平台，由其阐述：“姑且不论这个‘没有发表论文’的指控是否属实，单就当教授必须有‘论文’而言，就是一种谬误的说法。论文不能说明一个人的学问，学术刊物上的许多论文根本就与学问无关，也根本没有学术可言。”
以在新闻媒体中罕见的刊出注释的方式结尾，编辑们为此文拟定的引文提要是：“今天的学术评审制度往往舍本逐末，抱住形式主义的专业小圈子，轻视甚至排斥学术在公共生活中的知识自由交流和公共群体构建作用。在这种情况下，回归知识评审的公共价值应当兼顾正式和非正式的评审，不只让个别专家匿名评审，还要让尽可能广大的公众能够公开发表对新知识的看法。”敌人的出现想来并未出乎方舟子意料，他不惮以“柿油党”贬斥这些宣讲“普世价值”者，例如“说唐骏文凭有问题，有人就说能力比文凭重要。说贺卫方当教授多年不发论文，有人就说100篇论文抵不上1篇时评。看来以后企业家都该拿假文凭，教授都该专写时评。看某些公知抱团力挺贺卫方的言论，让我对其原有的尊敬荡然无存。微博真是毁人声誉的地方。突然能理解海瑞为何骂‘今举朝之士皆妇人也’了。”事实上，这位“打假”名人在在中国民众心中的形象近年来已经变得非常复杂，在揭露伪科学、伪气功之初，他获得了中国知识分子界的广泛赞赏，而类似指控唐骏学历造假、蒙牛造骨牛奶蛋白（OMP）忽悠更是让他成为“社会良心”，半年多前的遇袭事件更增添了他身上的“斗士”色彩。
不过，由于旗帜鲜明地反对中医与支持转基因，并且经常毫不留情地批驳一些“传统习惯”，他又招来了数量庞大的“方黑”。与中国媒体人，以及公共知识分子圈的交恶更是在近几年来日益公开化，多有与其亲身接触过的记者编辑在感叹他“较真”的同时也反感其“苛刻”、“一棍子打死”的“文革作风”，而与其渐行渐远。例如，南方报业属下的《南都周刊》即是方舟子公开宣称的敌人，他斥责这家“造谣”媒体诬蔑他供职于新华社的妻子。他甚至还通过自己的新语丝网站，不断更新一份“不良记者”黑名单，从《光明日报》到《21世纪经济报道》均有人上榜，罪名是“枪手”、“狠毒”等。《法制日报》“法治周末”版执行主编郭国松上榜，是因为他曾在5个月前主持编发《方舟子涉嫌抄袭总调查》，这份中央政法委机关报“以其人之道还治其人之身”，采用了方舟子惯常的打假方式揭发其抄袭等“涉嫌学术不端行为”。甚至，方舟子代理律师在出报前两天发来的“警告函”也在当时被全文刊出。
五个月后，这根伏线也顺应时势地被发掘出来。恰在8月初，美国密歇根州立大学教授伯恩斯坦发布公开信，指责方舟子的《科学是什么》引文抄袭了他的《论界定科学理论》有关内容，要求方舟子致歉。于是，一些贺卫方的支持者开始据此嘲笑方舟子是否还有学术打假资格。《南方都市报》8月24日就此发表吴向宏专栏，宣告“以方舟子先生为代表的‘学术打假’，已经背离了学术精神”：“方舟子打假经常借助所谓‘孤证’，也就是说，对于只有一个消息渠道来源的举报信息，不作其他核实调查的工夫，贸然便公开发表……说轻了是缺乏起码学术态度，说重了就是涉嫌公开传播谣言”。而后，更以贺卫方拿出自己20年来发表的论文清单证明指控有误为例，批评方舟子的思维逻辑“完全不像一个受过起码科学训练的理工科博士”：“在方舟子的学术‘打假’中，他几乎从来不会因为自己弄错了事实，而哪怕是暂时地放弃对方‘造假’的指控。相反，他经常是立刻找出另外的‘事实’来，继续指责对方造假。”
文中更将方舟子定义为“从来没有从事过哪怕是一天独立科学研究(只做过博士后)的业余科学爱好者”，批评他跨越各种学科、领域质疑断言的方式更像是个“以业余水平扮演无所不通人士、挑战一切专业权威的‘民科’们”：“方舟子的所谓‘打假’，和学术精神背离太远，即使实践中有诸多‘打准了’的案例，也毫无意义。这就像巫婆神汉也经常能‘治好’别人的病，但他们的方法既然违背科学，整个行为就应当被否定。”
现在，方舟子有理由把《南方都市报》钉死在自己的“黑名单”上了。在与袁伟时等一干昔日师友“撕破脸皮”后，正是在8月24号这一天，他通过微博“正式更正”：“自1993年以来19年间贺卫方共正式发表过2篇论文，对曾经有6个小时无数倍贬低（2/0）贺卫方的论文数谨表歉意。”不过，他还有一句，“近20年发2篇论文，和不发论文有多大区别？ ”
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