在维基解密近期披露的一批美国在台协会的机密电报中，一份发自2005年6月16日的电报重点谈及了中国大陆研究船只和台湾海巡署船只在台湾实际控制的东沙群岛附近发生冲突的事情。美国方面表示，台湾官员担心两者之间发生冲突，可能会引发不可预计的跨海峡危机。
维基解密披露电报显示，在2005年的5月27日，台湾海巡署船只同被怀疑为隶属中国大陆的研究船只，在台湾控制的东沙群岛（Pratas Island）附近发生冲突，令东沙问题同南海岛屿主权问题一起，再次成为台湾政府关注的焦点。鉴于东沙群岛地处香港、台湾以及菲律宾三地之间，台湾官员怀疑，当时不断发生的中国大陆渔船和研究船只入侵，是大陆对东沙群岛宣誓主权，并意在向吕宋岛（Luzon）以及台湾海峡部署军力的表现。
电报称，台北并没有准备将东沙群岛的控制权让给北京，因为担心其可能被用作未来中国人民解放军海事活动的一个基地。但是台湾官员也越来越意识到，中国大陆船只和台湾海巡署之间存在发生潜在冲突的可能，因为后者是有反华的强硬派许惠佑（Syu Huei-you）领导的。而这一情况将会引发不可预计的跨海峡危机。
台湾在2002年将海巡署船队部署于东沙群岛，以防止该岛受到来自大陆不可抵抗的进攻。自那时起，海巡署就对东沙岛屿享有实际管理权，很少受到来自更高级别的政策指导。然而，5月27日的插曲在台湾政治高层中引发政治思考，包括国际安全委员会秘书长的邱义仁（Chiou I-jen）等高层开始考虑，应该如何管理东沙问题。
事实上，在台湾海巡署在东沙群岛巡逻之前，台湾军队一直控制着该岛，但是岛屿地理位置的偏远以及地形劣势令台湾国防部在1999年提议撤出台湾军队。在2002年海巡署接手之前，东沙群岛上的军事设施较为陈旧，内政部从2003年开始对其设施进行稳步更新。
电报称，台湾国家安全委员会官员向美国方面表示，直至海巡署威胁将武力登上大陆研究船之前，他们并没有被告知这一事故。委员会亚洲事务高级顾问林政尉（Lin Cheng-wei）向美国在台协会表示，许惠佑仅仅在需要委员会要求台湾海军向事发地点派发援兵时，才将当时的冲突情况告知邱义仁。林政尉表示，邱拒绝了许惠佑派遣海军战舰的要求，警告许不要和大陆船只发生武力冲突。
林政尉表示，台湾国家安全委员会将同美国、日本以及其他利益相关方交换对于大陆在该地区行为的评估。同事，委员会Henry Ko也向美国在台协会表示，台湾方面认为大陆正在寻求挑衅但非暴力的举动，逐步推动台湾人员撤离东沙群岛，以允许中国人民解放军将该岛作为其行动基地。
林政尉还向美国方面表示，台湾正在考虑以一种非军事行动，吸引更多针对东沙群岛的国内、国际关注。但是，任何诸如此类的计划都将需要另外3至5年的时间才能实施，这将造成大陆和台湾方面在该海域发生持续摩擦的可能性依然存在。
与此同时，台湾国家安全委员会的官员承认，将行动决定权留给台湾海巡署是存在风险的，将寻求给予越来越多的内部协调和视察。
电报称，5月27日的事故有利的提醒了台湾的政治决策者风险的存在，台湾国家安全委员会对于该事故的介入，应该能够帮助减缓强势的海巡署领导层可能带给台湾的一个并不希望发生的同大陆的冲突的可能。但是，未来一段时间中，东沙群岛将依然是台湾的一个战略脆弱之处。台湾似乎倾向于维持中间姿态，一方面拒绝屈服于大陆的施压战略，将东沙岛屿让给大陆，另一方面也拒绝支持用军队控制岛屿。但是如果台湾认为北京正在重新加强其对于该地区领土的主权声称，那么这种平衡行为或许将越来越难以实施。
事实上，就在2005年5月27事故发生之前，在当月的3日，台巡缉舰在东沙群岛东南方向发现正在进行正常海洋勘测作业的大陆“探宝号”船只，开始透过无线电联络和喊话命令“探宝号”立即离开。“探宝号”坚持正常作业，并未理会台当局舰艇要求，台巡缉舰开始鸣笛示警，并采取“近距离逼迫驱离”，与“探宝号”的最近距离只有100多米，严重威胁正在作业的“探宝号”安全。据台湾媒体披露，台军方甚至一度考虑“必要时以武力登船”。
当时由于台军方船只紧逼，同时海上暴发9级暴风，经过一番僵持后，“探宝号”于5月6日下午驶离东沙群岛海域，航回大陆。
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