2004年以后的成绩，除了自动化系的，基本不含工程项目的（如高端路由器，下一代高速互联网、第二代身份证的芯片、以及丁晓青组在模式识别上的大量成就）。下面的成果基本来自计算机系的人工智能研究组、微电子所设备室、自动化系吴澄/李衍达/张学工三个组，不含电子系
据统计，从2001年至2006年3月，在代表电子科学技术与控制科学领域最高学术水平的IEEE（国际电子电气工程师学会）各学术期刊上发表的论文，清华就有500篇，几乎是国内高校第二名的两倍。在代表计算机科学与技术整体实力的的ACM（美国计算机学会）各会议中，截止2006年4月，清华在和集成电路研究相关的ASPDAC会议发表的论文为56篇，占全国一半以上；在CODES、ISSS和GLVLSI等10个国际会议上发表论文21篇，占全国一半以上，尤其是在物理设计领域，清华占了全国6篇论文中的5篇；在多媒体研究方面的MM会议上发表论文27篇，居全国高校第一；在计算机体系结构研究方面的MICRO会议上发表至少4篇论文，占全国一半；在信息检索方面的SIGIR会议上发表论文5篇，居全国高校第一。
清华信息学院04年8月以来发表的部分代表性论文与学术成就
2004年8月，微电子所在IEEE国际电子设备最顶级的学术会议（IEDM，International Electron Device Meeting）发表学术论文，这是中国大陆10年来首次在IEDM发文章；同年11月，微电子所又发表了中国大陆10年来第一篇JSSC（Solid-State Circuits，IEEE Journal）论文；其后，计算机系博士生陈汐在世界理论计算机科学领域最顶级的两大学术会议之一的STOC（ACM Symposium on Theory of Computing）上发表了大陆10年来第一篇论文。
进入2006年后，信息学院更是连续发力，3月14日，计算机系姚期智组在著名的《美国科学院院刊》（Proc. Natl. Acad. Sci.，影响因子10.452）上发表了一篇研究论文，这是大陆高校计算机系第一次在该国际著名期刊发表论文；接着在世界理论计算机科学领域与STOC并列的最顶级学术会议FOCS（Symposium on Foundations of Computer Science）上，计算机系一举中选3篇论文，而在此之前，中国大陆在该会议上从未有论文被接受！特别是陈汐出色解决了关于国际计算机理论界的著名难题－二人博弈问题的Nash均衡点的复杂性是PPAD完全的问题的证明，更使他荣膺本年度FOCS最佳论文奖，这是国际理论计算机的最高荣誉之一，而他今年不过24岁。此次会议上，清华计算机博士孙晓明也入选一篇论文。清华在本年度中选的论文数甚至超过了美国计算机领域的超一流大学加州大学伯克利分校（U.C.Berkeley）。
随后，在9月份，计算机系又在世界计算机算法的首要会议SODA （ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms）入选3篇论文，其中陈汐和孙晓明再次各入选一篇，另一入选论文的作者则是计算机系的肖晶。
随后，也是9月份，在人工智能方面最顶级的国际会议IJCAI（International Joint Conferences on Artificial Intelligence）上，清华又中选3篇。10月份，微电子所博士生杨晨又有论文入选国际电子设备最顶级的学术会议IEDM。这是继2004年9月清华首破大陆10年“零”的纪录后再次发表IEDM论文。
此外，计算机系年轻教授中的佼佼者应明生老师在量子计算与量子信息领域做出了许多开创性的工作，在国际上首先建立起基于量子逻辑的计算理论，为量子计算机的理论基础做出了杰出的贡献，美国Mathematical Reviews评论为“really novel ideas”，“beyond what we have seen so far”。更值得指出的是，应明生小组于今年5月22日在世界物理类最高学术期刊《物理评论快报》（Phys. Rev. Lett.，简称PRL，影响因子7.035）发表了研究论文，这也是大陆计算机系第一次在PRL上发表论文。
自上个世纪90年代以来，自动化系吴澄院士在计算机集成制造系统（CIMS）领域取得了举世瞩目的成就，他先后任国家973“复杂生产制造过程实时智能控制与优化理论方法”首席科学家和国家863自动化领域首席科学家，他主持完成的我国第一个计算机集成制造系统（CIMS）实验工程先后获得了美国制造工程师学会每年只评出各一名的“大学领先奖”和“工业领先奖”，这使我国成为除美国以外的、唯一获得这两个大奖的国家。该系青年教师赵千川老师因在离散事件动态系统（DEDS）和混合动态系统优化控制领域的取得一系列杰出研究成果，先后获得华人DEDS研究领域的最高奖何潘清漪论文奖、中国控制科学最高奖关肇直奖和2005年度美国联合技术研究中心年度最高学术奖。
自动化系除了在传统的工程科学领域继续保持领先之外，还积极开拓新的研究方向与学科交叉点，将研究领域延伸到国际上新兴的生物信息学领域，并取得了一系列重大成果。清华自动化系去年以来在影响因子大于6的生物信息学领域国际论文（到06年8月）有：Am J Hum Genet.（IF=12.649）、Trends Genet. （IF=12.047）、Hum Mol Genet.（IF= 7.764）、Nucleic Acids Res（IF=7.552）和Bioessays （IF=6.787）各一篇，Bioinformatics（IF=6.019）6篇。
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