外界质疑台湾农委会隐匿高病原性禽流感，农委会主委陈保基4日晚表示，他2月6日到任后，即发现台南肉鸡场死亡率达15%左右，且病毒株属高病原性，“对疫情高度怀疑，就立即执行预防性扑杀”，前后都符合国际规范，农委会绝无刻意隐匿。
防疫专家指出，日本、欧盟即使检出低病原性H5N2禽流感，也会做预防性扑杀。
陈保基：需要时间判定不是拖2个月
陈保基感谢纪录片导演李惠仁提供鸡只检体后，协助政府防疫。他表示，当时实验室检出的是高病原性H5N2病毒株，防检局已提高警觉，但养鸡场死亡率很低，并未采取预防性扑杀行动。
农委会副主委王政腾表示，防检局2011年12月接获检体后，2月1日开第一次专家会议，会中专家意见分歧，因为没有定论，且鸡场未见大规模死亡案例，判定H5N2禽流感风险仍低，防检局认为尚有时间搜集资料，做相关诊断。一个月后、即3月1日续开第二次专家会议，已有2月7日台南肉鸡场的扑杀事件，才获共识，对外宣布H5N2禽流感疫情。
王政腾说，不论检出高、低病原H5N2病毒株，日本均采全面扑杀防疫作法，规格最高，付出代价也最大，但每年候鸟带来疫情，禽流感疫情也没断过。因此，防检局请专家参与评估，是综合各方面的风险考量。陈保基强调，前后两段处理过程都符合国际防疫规范，但因专家会议没定论，以致缺乏执行依据，才形成外界拖了两个多月的负面印象，农委会绝无刻意隐匿。
学者忧病毒流窜 变异风险大增
台大兽医系名誉教授赖秀穗抨击，农委会隐匿疫情时间恐怕已长达3、4年，使病毒流窜，提高变异风险。
前卫生署疾管局局长、成大医学院讲座教授苏益仁炮轰，农委会扭曲科学数据，公信力已彻底破产，并危及整个防疫体系。苏益仁透露，2012年2月19日，国卫院举行H5N1疫苗研讨会时，就有专家质疑台湾禽流感疫情是否透明？农委会家畜卫生试验所研究人员未直接回应，只说疫情需由农委会统一发布，在场科学家当时就嗅到不寻常的讯息，私下议论纷纷。
苏益仁说，目前中国大陆、香港、东南亚地区都已有高致命性的H5N1病毒，未来台湾如果出现，农委会是否会据实以报，已令岛内外高度存疑。
苏益仁表示，农委会的官僚体系已不可靠，相关病毒检验工作，由农委会家畜卫生试验所独揽的作法必须打破。建议比照卫生署疾管局，除了官方检验室外，应同时由民间的中兴大学或台大等合约实验室同步检验。
前任农委会主委李金龙说，近年所知相关讯息主要来自于媒体报端，但这3、4年来他偶尔看到这些报道时，感觉很困惑，毕竟疫情并非官员造成的，官员何须掩盖，该做的是设法不让疫情扩大。他指出，台湾饲养环境密集，有病害难免，遇到病害时，遵守法令、国际规范，该通报、该扑杀、该清偿照规定走，才能赶快让业界恢复正常。
目前确认两处鸡场鸡只罹患高病原性H5N2、两处鸡场还在等判定。李金龙指出，依据过去经验显示，“当你看到一场的时候、通常不会只有一场”，毕竟人员、车辆出入密集，病毒可能已经扩散，等发现疫情才做的都是亡羊补牢的工作，重点还是在预防，也因此，现在农委会该做的，是回头看台湾的监测系统是不是有破洞？是否需要更强化！
民进党发言人林俊宪批评，区区一位局长敢隐匿不报？他质疑有更高层授意，要求必须查清责任，不能只牺牲一位局长。民进党立委陈其迈说，政府隐匿疫情有够离谱，且民意对瘦肉精美牛态度已很明显，但农委会主委陈保基却屡次引用错误资讯护航，造成民众对政府不信任，如今隐匿疫情更可能涉及刑责，主委应下台负责。
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