承载探索中国培养创新人才模式重任、因制度障碍久未获批的南方科技大学终于“转正”。日前，中国教育部向广东省政府发出通知，同意建立南方科技大学，同时要求该校遵守基本教育制度。同时该校将接受广东省领导管理，经费由广东生统筹安排。现任校长朱清时称学校合法后便可进行想要的改革，但初期力求精品不会大规模招生。
中国教育部通知指出，根据有关规定，以及全国高等学校设置评议委员会讨论议定，同意建立南方科技大学。至此作为中国未来高教改革试验田，南方科技大学终于迎来起死回生的转机。
教育部通知明确，南方科技大学系多科性本科学校，由广东省领导和管理，学校发展所需经费由广东省统筹安排解决。同时，应遵守《教育法》和《高等教育法》的基本精神，依法办学，遵循国家基本教育制度。同时，广东省和深圳市会进一步加大资金投入力度，加快学校新校区的建设速度，力争在未来3至4年内完成学校二期工程的建设任务，使南方科技大学的硬件条件基本形成。
通知要求，南方科技大学要进一步加强学校的师资队伍建设，优化师资队伍结构。该校全日制在校生规模暂定为8,000人。学校新专业的增设和专业结构的调整，应按教育部有关规定办理。
不过现任南方科技大学创校校长的原中国科学技术大学校长朱清时院士表示学校不会大规模招生。他在接受采访时表示，南方科技大学已成为合法的高教机构，可以进行希望进行的改革。他也强调，8,000人是学校最终的长远目标，其中还应该包括研究生的数量。按照预先的设计，“学校在前五年的招生最多为2,000人”，因为“我们希望南科大能办成精品，当师资队伍、设备和研究基地没有配套之前，我们不会大规模招生”。今年的招生规划将报请有关教育主管部门批准，尚未确定。
此外，《深圳商报》报道称，中科院院士、南科大领军教授、物理系系主任唐叔贤和美国国家工程院院士、加州大学伯克利分校教授张翔将被增补为南方科技大学首届理事会理事，南科大首届理事会理事达到26名，而南科大学校方面的理事增加为4名。
南方科技大学是国家高等教育综合改革试验校。学校以理、工学科为主，兼有部分特色文、管学科；在本科、硕士、博士多层次上办学，一步到位按照亚洲一流标准组建专业学部和研究中心（所），借鉴世界一流大学办学模式，建成类似加州理工学院和洛克菲勒大学那样小规模高质量的高水平研究型大学。原中国科学技术大学校长朱清时院士出任创校校长。
2011年6月，南方科技大学首批入学的45名学生全部放弃高考，一度引起各界高度关注。在该校公布的管理暂行办法中，“教授治学、学术自治”原则被写入总则。
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