虽然学生很喜欢，但对于十二星座教学法的质疑声却不少。很多人认为，星座这种东西自娱自乐还是可以的，但搬上课堂就不靠谱了。教育专家则认为，因材施教是科学的教学方法，但因“星”施教是否科学必须打上一个问号。因为截至目前，没有科学研究能够证明星座学具有科学性，以出生日期定义人的性格更是无稽之谈。
南京大学学生王涵说，星座这种东西自己玩玩还是可以的，要搬上讲台就感觉有点“忽悠”了。难道这也算是“因材施教”码？学生家长李素英则认为，学校如果拿伪科学教育学生，只会造成不良意识的强化，这种噱头还是不要的好。
南京师范大学教育学专家殷飞认为：“兴趣是最好的老师，只要能有所得，还是可以尝试的。但问题是这种尝试，即对因材施教的探索，必须要建立在科学的基础上，否则就是哗众取宠。这种不够严谨的做法是值得反思的。”
教育心理学学者戈立说，从心理学角度看，年轻人对于星座的兴趣其实是它们对于自己的兴趣，是他们寻找自我、试图确定自我同一性的一种尝试，就像偶像崇拜一样。这种特定时期的心理诉求是非常正常的。“但是热衷和迷信之间，往往只有一步之遥。作为大学这种机构，显然不应当充当促使学生更加相信星座等伪科学的助推者。”
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