林毅夫教授回国后提出了新结构主义经济学思路，然而从中国经济发展与经济体制改革的实践看，林毅夫教授的新结构主义经济学有浅薄之处。
林毅夫教授回国后提出了新结构主义经济学思路，其政策建议为：以市场经济为主导发展比较优势产业；同时需要政府为经济发展提供便利。这类政策的希冀结果是：开放性的经济体，利用后发优势；具有竞争力和强大的外部性支持，包括强大的财政账目、更少的内生性危机和可以为反周期操作提供更大空间的财政政策；较大的经济盈余，较高的投资回报，较高的储蓄和投资。
从中国经济发展与经济体制改革的实践看，林毅夫教授的新结构主义经济学有浅薄之处：
中国正在从劳动力密集型经济向知识密集型经济转型、从粗放型经济发展模式向集约型经济发展模式转型，从引进模仿型经济向原始创新型经济转型。中国的转型需要解决两大难题，这两大难题会决定中国转型的成功与失败，而这两大难题恰恰没有在林毅夫的新结构主义经济学中提到。
一是林毅夫教授把发展中国家向发达国家过渡的经济演化只等同于政府管理方法的应用，严重忽视甚至回避背后存在的权利结构的转型问题。原来高度集中于国家的经济权利向民众经济权利的回归与完善，包括私人财产权、创业权、创新权、竞争权、交易权、组织权、公共财产权、社会保障权以及在这些经济权利基础上生成的政治权和文化权结构系统。尤其是在社会每一个体个人产权回归基础上，发展中国家都有一个原来铁板一块的国家公共权利会解析为社会自治的公共权利和国家代理的公共权利，而国家带来的公共权利会在社会自治的公共权利的发展基础上将官员个体的私人权利和国家代理的公共权利区分，没有这些分层级的分侧面的立体的权利区分过程，怎么可能有市场的正常发展，有政府的法治行为？
二是林毅夫教授把一国的发展禀赋资源更多地看成为物资的（包括劳动力），货币的，并没有看到从发展中国家向发达国家转型中的创新型人力资本的思想能力从原来行政本位的权力系统独立出来的关键作用，也就是人类的脑体分工发展为脑脑分工的必然过程，没有看到知识引导行政的隐型资源配置模式的绝对重要性。凡是具有原始创新能力的国家，凡是能够有效配置本国资源的国家，必然存在一个思想自由竞争与合作的隐形领域，而这一领域的发展程度决定了市场的自由度和社会的自治度以及社会对国家特权的控制度。这一制度框架恰恰是政府在知识经济中作用充分发挥的关键。现时代发展的关键要素已经在于一国的认知模式，而不在于一国的原有的物质禀赋，世行的2002年的报告已经清楚地指出这一点。林毅夫丝毫没有涉及。
林毅夫教授看起来是超越了凯恩斯主义，实际上还是凯恩斯主义的应用。西方世界当然不是全世界的经典榜样，但是从发展中国家向发达国家过渡的一些普世演化准则是我们不能忽视或回避的。中国正在转型，我们尤其要关注林毅夫教授新结构主义经济学存在的重大理论缺陷，否则，我们有良好的愿望，但结果却适得其反，无法建立一个真正具有原始型创新能力的国家。
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