菅义伟和普京通话当天，俄罗斯军方一行动引发日本不满

日俄领导人会谈再次确认了2018年11月时任日本首相安倍晋三与普京达成的共识，展现出继承安倍晋三政府路线、以移交北方四岛中齿舞群岛和色丹岛两岛为核心展开谈判的姿态。

俄军9月29日当天还发布消息称，在北方四岛的国后岛和择捉岛等地启动了设想遭到敌人登陆部队攻击的有关军事演习。

在菅义伟与普京电话会谈前夕实施演习被认为是在牵制日本，但会谈并未以此为话题。日本内阁官房长官加藤胜信在记者会上透露，在俄方提前通报此事的9月24日当天已通过外交渠道进行了抗议。

另据报道，克里姆林宫发布的声明说，普京和菅义伟9月29日通电话时也讨论了在医疗方面合作的可能性，包括合作研发新冠肺炎（COVID-19）疫苗。但声明没有详细说明两国领导人所说的可能合作的性质。

第二次世界大战结束后，日俄一直没有签署和平条约，这为两国关系蒙上了长期阴影。1956年双方签署《日苏共同宣言》，苏联同意在签署和平条约后考虑向日本移交齿舞和色丹两岛的可能性，但并未提及国后岛和择捉岛。日本认为该文件只解决了一部分问题，并以1855年日俄签订的双边贸易边界条约为依据，把归还择捉岛、国后岛、色丹岛和齿舞岛作为签署和平条约的条件，随后的谈判没有任何结果。