台湾国安会秘书长金溥聪上任后视察国安相关单位及调查局、海巡署并听取简报，引发外界质疑违法越权的争议。对此，马英九3日力挺自己的核心幕僚，他反问媒体，“如果金溥聪不去了解情报单位状况，他怎么做我的幕僚长？”，声称如果金不去了解才是失职。言下之意，国安会秘书长作为总统的幕僚长，主管业务不限于国防、外交与两岸，国家的其他重要状况也是可以关心。
马英九结束萨尔瓦多访问行程，3日举行台湾媒体记者会。媒体询问金溥聪视察情报单位与机关，是否侵犯总统职权？事前是否与马英九沟通过，或是经他授意？府方表示，这是总统的记者会，请媒体对总统提问。
马英九请媒体看“中华民国宪法”增修条文、国安会组织法、国安局相关组织法规，都很清楚，国安会秘书长当然是总统的幕僚长，主管业务不限于国防、外交与两岸，国家的其他重要状况也是可以关心；金溥聪不需要他的授权或示意，法律规定很清楚。
“他如果不去了解情况的话，他怎么做我的幕僚长？”马英九反问媒体，这是很关键的问题，金溥聪不能只看这些机关给的书面报告，“他自己还是要去了解”；尤其是两岸关系改善之后，大陆一年有这么多人来台湾，两岸关系影响到国际关系，也对于其他方面与国内安全都有非常重要的影响，必须去关心。
马英九表示，从过去几年的例子看来，中共对台湾的工作做的非常积极，这三年来，他也不断跟国安局强调国家安全工作一定要加强，“金秘书长身为国安会的秘书长，他主管的业务，包括这些项目，他如果不去了解，我都觉得他会失职”，“我希望能有第一手的资料”。
另外，有媒体报道称金溥聪的同学、民视总经理特助陈申青，3日主动与国民党立委接触，“转达”金溥聪希望大家多帮忙，希望“29名监委被提名人一定要全部过关”，报道质疑金溥聪事涉国安会职权与媒体人角色的双重争议。对此，国安会表示，秘书长金溥聪谨守分际，绝无报导所指之事，相关报导捕风捉影，恶意捏造渲染，制造莫须有的争议，令人强烈遗憾。
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