在2012年台湾总统大选竞选期间成为重要选战攻防议题的“宇昌案”风波再起，民进党主席蔡英文提及此案时猛烈抨击执政者将很重要的产业拿来当选举工具，并进行抹黑、人身攻击，质疑国民党和马英九未因此负起责任。她的这番表态被国民党痛批是在闪躲和模糊问题焦点，而蓝营立委蔡正元就讥讽中研院院士何大一，利用职务之便担任“掮客”，从“宇昌案”获取重大利益，不是投资问题，而是职务分际问题。
民进党主席蔡英文强调，政府应拿出力量来协助产业发展，不能有任何政治及选举考量，拿产业发展当牺牲品，上次大选看到执政者将重要的关键性产业当选举工具，甚至抹黑，以及对参与者人身攻击，是最坏的示范，希望这个案例能让台湾的社会醒觉，不要再发生。而涉案的中研院院士何大一亦批评国民党政府，为了政治因素，政府要“杀死”自己的小孩（宇昌案）。
对此，蓝营蔡正元在脸书上发文反批说，蓝营从没有人认为政府基金不该投资爱滋病的相关生技业，也没有人认为不应投资宇昌案，“宇昌案”始终不是投资问题，而是职务分际问题，这个问题不会因蔡英文不起诉就消失，不可转移焦点。
蔡正元质疑说，蔡英文从行政院副院长退职，可不可以马上向政府基金要资本去投资创业，而且过程快速得不可思议？如果蔡英文可以这么做，即使不涉及刑事责任其他人可不可以群起效法？
蔡正元还说，何大一担任政府基金的审查人员，就同一个技术投资案何大一先审查不通过，再跑去找原技术拥有者，重新包装引进台湾设厂，纵使这厂做的很成功，但审查人员身兼两种角色，先予以否决政府投资，再扮演掮客去重新包装，仲介回来要政府投资，何大一可以这么做，别人可不可以也群起效法？
蔡正元进一步讥讽说，“宇昌案”这个“孩子”并没有死，而何大一从这个“孩子”身上拿走1亿元新台币（下同，1新台币约合0.0334美元）“技术股”或“佣金股”，现在应该翻了好几倍了，还有什么好抱怨的？
蔡正元强调，台湾的生技业很多人都很努力在推动，像中研院长翁启惠就很令人尊敬，翁启惠也参与宇昌案，但翁启惠不当宇昌的董事，也不拿什么“技术或佣金股”，令人深为佩服；这也是为什么翁启惠要找地兴建生技园区，遭到重重阻碍时，蔡正元会不顾一切，力抗张晓风等环保人士，力战行政院和军方，也不惜得罪郭氏财团，硬把南港202兵工厂的土地争取过来给翁启惠盖生技园区。
蔡正元表示，这个生技园区的规模，可是比“宇昌小孩”大很多，而且蔡正元和翁启惠也没有拿生技园区的“技术佣金股”，不像何大一那么懂得借职务机会，顺便“大家发财”。另外，国民党文传会副主委兼发言人陈以信就批评，当外界一再质疑“为什么卸任的行政院副院长可在自己家里听取官员简报？”、“为何自己批准宇昌案又自己接任宇昌董事长，自己家族还获利1980万元？”、“蔡英文家族投入1000多万元，台懋生技却向国发基金要求高达13.2亿元的管理费？”等诸多问题时，蔡英文始终置之不理。
陈以信说，这段时间以来，国民党一再提出呼吁，蔡英文应向全国民众公开澄清以上质疑，负起最基本的道德与政治责任，但蔡主席迄今从未正面回应。
陈以信强调，蔡主席当时有没有利益回避，是不是用最低道德标准自我检视，这些都是可受社会公评的事，如今蔡主席在缺乏证据下，无端指控国民党政府，令人无法接受。
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