近年屡次传出高等教育界的学术自由遭受政权政治干预, 例如年初陈文敏的副校长任命遭到建制势力阻挠、近日邵家臻因政治理由而被拒绝续任为研究中心副主任。梁振英上台后，铁腕整治社会风气，除以暴力和白色恐怖对付街头示威者，高等教育界也是其中一个整治对象。近年，学运兴起，捍卫学术自由，不仅是守卫师生自由学习和研究的净土，更是为社会积存力量，延续社会运动的生命力。
九七主权移交前后，港督和特首均担任各资助大学的校监，分别在于前者视之为「虚位」，甚少运用权力干预院校运动；梁振英则于在任时，不停安插亲信于大学高层中，尝试以政治手段打压学术自由。
校董会是大学最高权力的行政团体，特首可委任各大学的校董会主席及不同百分比的校董会成员，当中可于四所资助院校直接委任超过一半的校董会成员，只有中文大学校董的特首直接委任率低于三成。在教协的调查可见，在各院校中，现时有多达33名获委任的校董是现任或曾任人大或政协委员；过半数校董会有成员曾于2012年提名梁振英参选特首。前行会成员林奋强、全国政协廖长城等亲中梁粉，俱在他上任后获政治分赃，加入不同院校的校董会。由此可见，院校的校董席位成为政治筹码，校董会被安插大量亲建制人士，梁振英有意将其转化成政治附庸，打压学术自由。
大学教育资助委员会（教资会）于1965年设立, 成立主要的目的是处理资助院校的公帑研究拨款。立法会针对英国、新西兰及香港高等教育的研究调查发现，香港教资会以英国教资会为其蓝本，而英国早已于八十年代末期废除教资会，并以非政府部门的公营机构的模式成立高等教育拨款委员会。高等教育拨款委员会受政府的政策纲领影响但同时向国会问责，因此其拨款安排受市民监察；教资会作为半官方机构，直接与政府合作，成员由行政长官委任，并无任何委任准则，缺乏问责机制。过去教资会的任命亦为人诟病，在一三年曾委任一国两制研究中心总裁张志刚任教资会委员，被质疑是否政治任命，教资会亦有逾四成委员为非教育界专业人士。
现行的教资会在不透明和缺乏监管的制度下，政府可借此控制院校拨款及研究项目，干预学术自由，减少拨款予指定需整治的大学和学系。这种过时的资助拨款委员会制度令政府更掌握大学研究的命脉，无形中制造寒蝉效应。
殖民地遗留的高教体制，令行政机关能轻易以政治理由干预学术自主，未来社会必须重思如何重整高教体制并「去殖化」，增加当中的问责成份以及减少特首手握的权力，才能守住院校自主、大学教育。
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