自称“对真理有洁癖”的方舟子，这次又轰然在网络“中枪”。方舟子的“打假”，以及因打假而被打，让他在这些年中，收获了前所未有的关注，也引来了前所未有的争议。
在赞扬与质疑的夹击声中，方舟子的“打假”之路还走得远吗
天津网刊载李国惠的文章曾指出，“挺方派”认为，当今社会的净化，就需要像方舟子这样的打假斗士，否则造假者会更加肆无忌惮。一旦社会成了造假者的天堂，将无疑是正义与诚信的一种倒退。甚至还美其名曰：孤独的堂吉诃德。
当然，在得到一些人力挺的同时，方舟子也不乏敌人与反对者。他因打假树敌而被打的事件，早已被炒得火热，笔者在此不想赘述。而除了被打，方舟子也得到了不少口水。与那些认为“方舟子是在维护社会公平与正义”的态度截然相反，或有人怀疑他的打假失去了善意的成分，或有人认为他是在炒作、作秀，甚至还有人直接表明方舟子俨然成了“学术界的宋祖德”。
坦白说，方舟子无论是“孤独的堂吉诃德”，还是“学术界的宋祖德”，关键得看有没有站在道德的立场上。倘若他揭穿虚假，揭露黑暗完全是出于对真理与诚信的执著，那么我们举双手赞成，甚至希望这样的人再多些，不要让他成为一叶孤“舟”；但是，倘若他并非立足于上述立场，那么我们大谈支持，恐怕还为时尚早。
方舟子在将他人置于舆论漩涡的同时，自己也未能幸免。而在赞扬与质疑的夹击声中，方舟子的“打假”之路还能走多远呢？我们还是拭目以待吧。
被方舟子批评过的部分人物：
法律学者贺卫方：方舟子称贺卫方“一稿多投”，认为贺卫方是“法学界的水货”“尸位素餐”“二十年来基本不发表论文”。
作家，异见人士余杰：方舟子称“余杰因为多次剽窃别人作品，早就被我们揭露过……至于‘奴在心者’‘奴才’，也是余杰本人的写照，他不是已经匍匐在原教旨基督教的传教士的脚下，当起上帝的奴才了吗？”
学者刘瑜：方舟子称其“学术水平低下”“而且还伪造论文发表记录”。
呼吸道疾病专家钟南山：方舟子称其与药厂合作卖假药。
科学家钱学森：2009年11月4日，钱逝世4天后，方舟子发表了《〈人民科学家钱学森〉若干可商榷之处》一文，批评钱在大跃进期间为粮食亩产万斤提供“科学”证明， 及为研究“人体特异功能”运动发挥领导和指导作用。
杂交水稻之父袁隆平：因袁隆平对转基因大米的安全性有疑虑，方舟子对其提出批评，称“袁隆平本人也在搞转基因大米但还没做出来”，并质疑袁的科学素养。
北京大学法学院院长朱苏力招生：2004年7月9日，新语丝刊登河海大学讲师甘德怀的来信《我的北大考博经历》。7月12日，朱苏力致信新语丝《关于甘怀德同学面试情况的说明》。7月17日，方舟子发表《北大法学院的诚信危机》，质疑朱苏力偏袒熟人、践踏程序，有损学术尊严。
萨福克大学历史系教授薛涌：方舟子批评薛涌以“兄弟在耶鲁的时候”作为头衔混日子，但写出来的文章却对不起“耶鲁”这块牌子。
美国学术期刊打假专家杰佛里•比尔（Jeffrey Beall）教授：方舟子曾引用比尔教授的意见证明林树坤的MDPI出版社“没有问题”，称比尔为该方面的“专家”。当比尔将MDPI列入“有问题的出版社”名单后，方舟子指责比尔教授为洋“方黑”，缺乏“专业知识、专业精神、判断力、责任心和正直品格”。
调查记者柴静：方舟子批评柴静既然作为“调查型记者”，就要“对事实的真相要有洁癖，不要轻信、传播当事人的自吹自擂、神吹胡侃和道听途说”。罗永浩因此事与方舟子交恶，方舟子讥其为“罗三桂”。
记者、歌手吴虹飞：方舟子称其为“流氓”。
记者石扉客：2011年12月，方舟子在微博上披露石扉客在“整重庆公安局局长王立军的黑材料”，时王立军任副市长。在随后的几天里，石的个人信息、家庭住址被泄露在网上，并收到几十个骚扰电话。
企业家罗永浩：方舟子称罗永浩是流氓，是其见过最恶心的人。方舟子亦称罗永浩“非法办学，没有办学资质，还涉嫌偷税漏税，做虚假广告”。从2011年底开始，方与罗在新浪微博上进行了旷日持久的争执。
奇虎360董事长周鸿?
央视主持人崔永元、央视调查记者王志安
央视主持人白岩松：方舟子讥其为“白拓宽”。
网络作家周小平：方舟子称从未听说过周小平这“网络作家代表”，引用清华大学教授肖鹰的说话称其为“流氓文化代表”。方舟子说，周小平所写的《梦碎美利坚》一文属于胡思乱想捏造，是在“梦游美利坚”。
中南大学校长、中国工程院院士张尧学：张尧学学术造假被揭发后，方舟子批判张尧学称他在他的“透明计算”获奖之前已脱离科研一线十几年，其成果可谓“神人神迹”，他的报奖材料中引用的论文反而证明他提出的透明计算在国际上毫无影响，而非材料中声称的“被国内外采用，引发和推动了国内外新型网络计算模式的理论和实践。”称他获奖“肯定是利用权力和官场人脉运作的结果”，“是典型的学术腐败大案”，“算得上中国科学最大的丑闻之一”。
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