一个重点或重大项目，不可能一个单位完成，又因为项目往往要求指标内容“全覆盖”，只能几个单位联合申请。一般是一个强的，拉几个“弱”一点的，构成申请组。项目建议单位往往占尽先机，指南甚至就是量身定制，参加单位的组合自然就相对强一些。例如三个申请组共同竞争一个项目，他们的组合可能是：
申请组A{A1，A2，A3}
申请组B{B1，B2，B3}
申请组C{C1，C2，C3}
每个申请组的参加单位构成，或是历史形成，或是人情关系，强强联合多数情况下不太容易。即使是项目建议单位组织的申请组，也不可能是最佳组合。例如，A组中，主申单位A1对多数指南研究内容最强，但该组中，A3可能是打酱油的；B组中，指南中研究内容B项B2国内最强，C组中，指南研究内容C项C3国际最强。经过几轮评审，最终A组胜出。此时，主管单位该怎么做？理论上说，重点或重大项目立项代表的是“国家意志”，要解决的，是关键和前沿科学问题，或国家急需的工程技术问题。从这个角度讲，应该选择最强单位，最佳组合，以达到最高目标和最好效果。
以前有过这种情况，就是A和B两个组不相上下，主管部门试图撮合，两个组合并，共同承担项目。但是这有拉郎配的感觉，一来这些单位可能没有合作基础，甚至本来就是“敌对”的；二来，为了争“首席”，一方也不轻易屈服被合并。有本事的，就通过“活动”再为自己设立个“指南”，来年再战。没本事的，就只好再等待机会。
而实际上，多数情况是，就是A组承担，即使A3是打酱油的。失败的组只能“愿赌服输”。即使B组中的B2或C组中的C3掌握国际先进或核心技术，也只能当吃瓜群众。
主管部门不是不知道这种情况，但是为了维持“程序正义”，只能默认。
谁有什么好主意？
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