与原核生物相比，真核生物细胞内部存在明显结构，包括细胞核、线粒体、叶绿体等（1）。其中，线粒体和叶绿体起源的内共生学说已经被普遍接受（2），就像达尔文之后的进化生物学一样，大方向、主干已经具备了，剩下的就是添枝加叶的工作了。
细胞核是真核细胞最显著的特征。然而细胞核的起源，却是真核细胞各种结构特征的起源问题中最不清楚的。目前已经有四种假说等待着大家去检验 (3，4)。既然线粒体叶绿体可以通过内共生产生，自然有人就会想到，细胞核可能也是内共生来的。一个原核细胞进入另一种原核细胞中，鸠占鹊巢，成了大家庭的主宰者。第二种假说是直接由原核生物（如planctomycetes bacteria）的细胞内膜特化产生细胞核。第三种假说的想法很奇特，形象的比方是解放后北京市辖区域的历史变迁。强大的北京城不断向外延伸、扩张，把周边的一些县镇包含进来。包含进来之后，并没有新老地区均一化，而是分成了城区和郊区。老北京是城区，新北京是郊区（5）。一些进化生物学家心中，真核细胞起源也是这样的，细胞的老城区和新城区的边界就是细胞核的核膜，细胞核相当于北京的市区，细胞质相当于北京的郊区（6，7）。还有一种更加脑洞大开的假说，就是某种巨大的病毒侵入细胞之后，想在细胞中建立一个国中之国，结果精心建好的小家园自己没有守住，成了原来国王的王宫（8）。
按照维基百科的说法，最后一种假说是最有争议的。不过，大家如果看到了今天Science上发表的一篇论文（9），就会觉得这种假说是最靠谱的。这篇文章利用了很高大上的显微成像技术（别问我，我也不懂其中的细节，我只看结果），观察到针假单胞菌被噬菌体（细菌的病毒）感染后，细胞中出现类似于细胞核的结构，噬菌体的DNA合成、重组、mRNA转录都在这一类核结构中进行，而蛋白质合成、病毒组装等其他过程，则被排除在这一类核结构之外。这种病毒感染的假单胞菌与真核细胞太相似了。真核细胞的DNA合成、重组、mRNA转录都在细胞核中，蛋白质合成、加工、各种代谢过程都在核外细胞质中进行。
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