延宕近四个月的台大校长遴选案，由台湾教育部于台北时间4月27日决议以“遴委会委员及被推荐人有经济法律上重大利益未回避的适法疑虑”为由，作出不予聘任的决定，当事人管中闵则在书面声明中形容：（这一天）“是台湾高等教育的一个转折点”；让人想起先前外界臆测争议重重的吴茂昆接下教长一职，是为了要协助政府清理管案所燃起的高教战场，是位具政治象征性任命的教长，而一位争议甚多的教长，做下这个政治性决定，立下了“拔管”战功，同时也产生后续问题，反倒无法“止血”。
台大挺管中闵的学生在校门旁挂上黄布条，抗议台教育部“卡管”（多维记者 谭英瑛／摄）
客观来看，吴的这一决定是“功在民进党”的，除了他“不计荣辱”为民进党政府割除这颗“卡管之瘤”，但却也坐实了自己就是个政治任命的教育部长，而非以才德服众。
就实际层次来说，不论是台湾教育部在说明中提到“遴委会委员及被推荐人有经济法律上重大利益未回避的适法疑虑，台大亦未善尽幕僚单位应有之责任，进而形成对其它被推荐人的偏颇与不公平竞争”，或是《台大校长遴选争议案的法律研析意见》结论写管中闵在台大同意之前，即已于“台湾大哥大公司”违法兼职担任独立董事，又未揭露其与遴选委员间之利害关系，指出遴选组织与结果显有失公正；立下校长候选人应在遴选过程要求与其有利益相关遴选委员“利益回避”的先例。
不过吴茂昆“拔管”同时衍生其他问题，如前述候选人若与遴选委员有利益关系，需事先揭露与回避，不过诚如台大学生会在《台大学生会对教育部驳回管中闵聘任案之声明》所提到教育部未针对“重大利益回避之适用标准法规”作说明般，可想而知，未来在没有明确法规定出遴选委员须回避的要件下，若只凭这次管案所创造出的例子，不见得能避免未来各高校在大学遴选校长过程衍生的问题。
另外若今日教育部因管中闵与富邦金控董事长蔡明兴之间的“重大利益”，决定不聘任管中闵为台大校长，那同样也有利益回避问题的阳明大学校长遴选争议呢？更何况教育部已核聘阳明校长就任，虽说教育部表示会用同一标准检视阳明遴选争议，但若真要同标准的话，在阳明已有校长的情况下，恐怕会点燃比管案更大的“大学自治”风波。
“大学自治”的理想，固然是台湾学术界多年追求的目标，但企图建构高耸入云的“乌托邦”是不切实际的梦想。即使台湾民间常有：台湾只有一所大学，名叫“教育部大学”的讥讽，但事实上在数十年来台湾的公私立大学其财力支持与师资聘任，绝大部分需依赖教育部管理调配，校务才能顺畅运行的情况下，这也是为何《大学法》仍保有教育部对校长聘任同意与否的权力，否则教育部根本无法有管理各大学资源分配、公平行政的立场与法律地位。当然，为了提升台湾学术研究与高等教育学术水平，追求“大学完全自治”的热情，让大学拥有最大的自主权，应无人会加以否定，但高教界、学界人士衮衮诸公为何不及早凝聚共识、集中力量推动教育法规的全面修法？此时应做的是教育政策与法规结构性的“顶层设计”，而非“押宝”于单一身兼浓厚政治人物色彩的“教育明星”，将所有改革希望寄托于一人的虚妄想象。
这次终于决策“卡管”，表面上是吴茂昆最后“拔管”送管中闵一个不予聘任的决定，不过管中闵与其支持者对“大学自治”的毫无上限挪用，更是真正让自己与台大校长之位失之交臂的主因；若过去蒋经国以“三不”：“不接触、不谈判、不妥协”来应对中国大陆，那现在管中闵也创造“新三不”：“不释疑、不露面、不澄清”来反击教育部，然后拿“大学自治”当自身种种行为护身符，指控对方提出的疑义为“抹黑”，却无法充分解释网络流传的种种兼职数据何为不实、为抹黑；认为这样可借着教育部“打压”让自己上位，而如今不成，又不面对自身在遴选过程需负起的利益揭露责任。
但另一方面，台教育部在4月27日发出决议“卡管”文件的附件二“法律研析意见”中，列出一段关键文字指“管中闵违法兼职既然已经事证明确，依法自不得再参加遴选”，等于尚未经过正式的法律检审裁判程序就“判决”封死了管中闵重新参与台大校长遴选之路。而这也是与台教育部称“可再次参选台大校长”、“对事不对人”的原则自相矛盾，更为未来的冲突争议添上新的柴火。坊间已有不少劝进管中闵参选台北市长的呼声，再度成为蓝绿政治斗争动员的新战场。
台大校长遴选“卡管”这场闹剧，逾时近四个月，而随着时间一同流逝的，是民众对蔡政府信任。而众人众人对于管中闵所誓言改革台大、“赢回大学自治”的信心，也在高涨的政治争议与对抗中消磨殆尽。
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